先週と今週の木曜日には生物制御化学・化学生態学研究室合同で中間発表会を行いました．残念ながら，私は先週の中間発表会にはブルカーのユーザーズミーティングに出張していたため参加できませんでした．生物制御化学研究室では二年前までは中間発表会はいつも年末にやっていたのですが，年末では「中間」というには遅過ぎるということになり，昨年は 11 月に拓かれました．今年はさらに早めて 10 月開催となったのです．時期的には確かに中間なのですが，昨今の就職活動の長期化の影響などもあり，特に四年生にとっては中間発表するネタがほとんどなくて苦しい発表になったのではないかと思います．しかし，案外アッと言う間に卒論を仕上げなければいけない時期になるので，卒論発表までには良い結果が得られるように頑張ってもらいたいと思います．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
175. Bhattacharya, A. et al. (2012). Characterization of the fungal gibberellin desaturase as a 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase and its utilization for enhancing plant growth. Plant Physiol. 160: 837–845.
176. Hara, S., Isoda, R., Tahvanainen, T., and Hashidoko, Y. (2012). Trace amounts of furan-2-carboxylic acids determine the quality of solid agar plates for bacterial culture. PLoS ONE 7: e41142.
177. Huang, X. et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice. Nature in press.
178. Citron, C.A., Rabe, P., and Dickschat, J.S. The scent of bacteria: headspace analysis for the discovery of natural products. J. Nat. Prod. in press.
2012年10月12日金曜日
2012年10月5日金曜日
NMR ユーザーズミーティング，GC/MS 修理，今週の輪読
昨日，長谷川は東京コンファレンスセンター・品川で開催されたブルカー・バイオスピン NMR ユーザーズミーティングに参加してきました．昨年に聞き続き 2 回目の参加ですが，今回印象に残ったのは二次元以上の多次元 NMR の測定時間を劇的に短縮する（もしくは同等の測定時間で分解能を向上させる）Non-Uniform Sampling (NUS) という技術の紹介でした．話を聞くかぎりは何やら魔法のように素晴らしい技術で，ちょっとごまかされているのではないかという気さえしました．これを使うためには，現在，我々が使っているソフトウェアは TopSpin Ver. 2.1 なのですが，これを Ver. 3.x にバージョンアップする必要があるようです．TopSpin Ver. 3.x はいろいろ Ver. 2.x より改良されている部分もあるのですが，敢えてバージョンアップする理由は今まではなく，バージョンアップの検討はしていませんでした．この話を聞いて，先立つものさえあればバージョンアップを検討してみようかなという気になりました．
私が出張で留守にしている間に，故障中の GC/MS の修理（ターボポンプの交換）を JEOL のエンジニアの方がしてくれました．大学に戻ってから確認したところ，真空度も使えるレベルまで上がっていて，標準物質の PFK のピークも出ていたので，これでとりあえず使える状態になったと思います．もう少し様子を見る必要がありますが，これで問題なければ，当初想定していたよりも費用がかからずに済んで助かりました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
170. Charles, C. et al. (2012). Measurement of the influence of flavonoids on DNA repair kinetics using the comet assay. Food Chem. 135: 2974–2981.
171. Zhou, K. et al. Functional characterization of wheat ent-kaurene(-like) synthases indicates continuing evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
172. Wu, Y. et al. Functional characterization of wheat copalyl diphosphate synthases sheds light on the early evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
173. Matsushita, A. et al. The nuclear ubiquitin proteasome degradation affects WRKY45 function in the rice defense program. Plant J. in press.
174. Qin, X. et al. Gibberellin 20-oxidase gene, OsGA20ox3 regulates plant stature and disease development in rice. Mol. Plant Microbe Interact. in press.
私が出張で留守にしている間に，故障中の GC/MS の修理（ターボポンプの交換）を JEOL のエンジニアの方がしてくれました．大学に戻ってから確認したところ，真空度も使えるレベルまで上がっていて，標準物質の PFK のピークも出ていたので，これでとりあえず使える状態になったと思います．もう少し様子を見る必要がありますが，これで問題なければ，当初想定していたよりも費用がかからずに済んで助かりました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
170. Charles, C. et al. (2012). Measurement of the influence of flavonoids on DNA repair kinetics using the comet assay. Food Chem. 135: 2974–2981.
171. Zhou, K. et al. Functional characterization of wheat ent-kaurene(-like) synthases indicates continuing evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
172. Wu, Y. et al. Functional characterization of wheat copalyl diphosphate synthases sheds light on the early evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
173. Matsushita, A. et al. The nuclear ubiquitin proteasome degradation affects WRKY45 function in the rice defense program. Plant J. in press.
174. Qin, X. et al. Gibberellin 20-oxidase gene, OsGA20ox3 regulates plant stature and disease development in rice. Mol. Plant Microbe Interact. in press.
2012年10月1日月曜日
LC/MS/MS，GC/MS が相次いでトラブル
LC/MS/MS（AB SCIEX 3200QTRAP）と GC/MS（JEOL GCmateII）が立て続けにトラブルになり，今日どちらの装置もメーカーのエンジニアの方達に見てもらいました．
LC/MS/MS は今月の初めに停電があったときに真空を落としたので，ついでにインターフェース部の清掃を長谷川がやったのですが，それ以降特定の化合物での MRM 測定に問題が生じてしまいました．全く問題のない化合物もあったので，非常に不思議で，とりあえず，うまくいかない化合物について，もう一度測定条件の最適化をやってみようということになりました．しかし，測定条件の最適化の途中でのプロダクトイオンスキャンでうまくピークが出ない状態になってしまいました．不思議なことに Q1 MS スキャンのあとのプロダクトイオンスキャンは必ずうまくいかないのに，一度 EPI や EMS の後にプロダクトイオンスキャンをやるとうまくいくという状態になっていました．しかし，プロダクトイオンスキャンがうまくいっている時には Q1 MS スキャンがうまくいかなくなります．これも EPI や EMS のトラップを使った測定を挟むとまたうまくいくスキャンが逆転します．一方，EPI，EMS，Q3 MS スキャンはいつでもうまくいきました．非常に不思議な現象で，こちらでは何とも対処のしようがなかったので，AB SCIEX に対応をお願いして，今日修理に来てもらったのです．
結果としては，オリフィスの汚れがトラブルの原因だったようです．私が停電後にオリフィスを清掃したときはスワブという大きな綿棒の形をしたスポンジみたいなもので拭いただけだったのですが，これでは汚れが落ちきれていなかったようで，メタノールをしみ込ませたキムワイプで拭いたら直ってしまったそうです．しかし，上述の不思議な現象がこれでなぜ起こったのかは良く分かりませんでした．とにかく，高額な部品の交換は必要とせずに作業費だけで修理が済んだので良かったです．作業費もなかなか高いので自力で直せれば良かったのですが，あまりに変な現象だったため，もう一度クリーニングをやってみようとは思わなかったのが敗因です．
GC/MS は先週他研究室の学生さんが測定しようとしたときに装置の真空度が落ちていて，再立ち上げを何度か試みても立ち上がらないという状態になってしまいました．これも今日 JEOL のエンジニアの方に見てもらったところ，ターボ分子ポンプが一台回転していないということが分かりました．もう 8 年ぐらい動いているターボ分子ポンプなので，寿命と言って良いと思います．修理のためにはポンプの交換が必要となり，現在は JEOL からの連絡待ちですが，かなり高額な修理費が予想されるので，非常に困っています．
LC/MS/MS は今月の初めに停電があったときに真空を落としたので，ついでにインターフェース部の清掃を長谷川がやったのですが，それ以降特定の化合物での MRM 測定に問題が生じてしまいました．全く問題のない化合物もあったので，非常に不思議で，とりあえず，うまくいかない化合物について，もう一度測定条件の最適化をやってみようということになりました．しかし，測定条件の最適化の途中でのプロダクトイオンスキャンでうまくピークが出ない状態になってしまいました．不思議なことに Q1 MS スキャンのあとのプロダクトイオンスキャンは必ずうまくいかないのに，一度 EPI や EMS の後にプロダクトイオンスキャンをやるとうまくいくという状態になっていました．しかし，プロダクトイオンスキャンがうまくいっている時には Q1 MS スキャンがうまくいかなくなります．これも EPI や EMS のトラップを使った測定を挟むとまたうまくいくスキャンが逆転します．一方，EPI，EMS，Q3 MS スキャンはいつでもうまくいきました．非常に不思議な現象で，こちらでは何とも対処のしようがなかったので，AB SCIEX に対応をお願いして，今日修理に来てもらったのです．
結果としては，オリフィスの汚れがトラブルの原因だったようです．私が停電後にオリフィスを清掃したときはスワブという大きな綿棒の形をしたスポンジみたいなもので拭いただけだったのですが，これでは汚れが落ちきれていなかったようで，メタノールをしみ込ませたキムワイプで拭いたら直ってしまったそうです．しかし，上述の不思議な現象がこれでなぜ起こったのかは良く分かりませんでした．とにかく，高額な部品の交換は必要とせずに作業費だけで修理が済んだので良かったです．作業費もなかなか高いので自力で直せれば良かったのですが，あまりに変な現象だったため，もう一度クリーニングをやってみようとは思わなかったのが敗因です．
GC/MS は先週他研究室の学生さんが測定しようとしたときに装置の真空度が落ちていて，再立ち上げを何度か試みても立ち上がらないという状態になってしまいました．これも今日 JEOL のエンジニアの方に見てもらったところ，ターボ分子ポンプが一台回転していないということが分かりました．もう 8 年ぐらい動いているターボ分子ポンプなので，寿命と言って良いと思います．修理のためにはポンプの交換が必要となり，現在は JEOL からの連絡待ちですが，かなり高額な修理費が予想されるので，非常に困っています．
2012年9月28日金曜日
Wiwik さん来日，研究室旅行，今週の輪読
先週の水曜日から外国人研究者としてインドネシアのウダヤナ大学講師の Wiwik さんが生物制御化学研究室に滞在することになりました．Wiwik さんは大学教員であると同時に博士課程の学生でもあり，博士論文をまとめるために茨城大学で機器分析を用いた天然有機化合物の構造解析を行う予定です．月曜日には研究室の学生さんたちとささやかな歓迎会を霞光荘で行いました．日本語の話せない外国人研究者を受入れるのは生物制御化学研究室としては久しぶりです．学生さんたちは（長谷川も）貧しい英会話能力で何とかコミュニケーションを取らなければならないので苦労していますが，そういう経験も良い刺激になると思います．Wiwik さんの滞在期間は三か月と短いですが，是非博士論文に使える良いデータを出してもらいたいと思います．
9/22, 23 の土日には化学生態学研究室と合同で鬼怒川温泉に研究室旅行に出かけました．戸嶋先生と何人かの学生さんは都合が合わずに不参加でしたが，総勢 12 名での旅行となりました．初日はお昼に宇都宮餃子を食べてから，鬼怒川温泉の伊東園ホテルニューさくらにチェックインしました．バイキングでの夕食を取った後は，温泉，麻雀，トランプ，部屋飲みなどで夜の時間を過ごしました．二日目は天候が悪くかなり雨が降っていたのですが，一本杉渓流魚センターというところの釣り堀でニジマス釣りを行いました．あまりに雨が激しかったので，釣りたい人に釣りは任せて，私も含めて半分ぐらいの人は屋根のあるバーベキュー場で雨宿りしていました．釣り組がびしょ濡れになりながら魚を釣った後は串に刺した魚を炭火で焼いて食べました．14:30 過ぎに渓流魚センターを出て，途中道の駅にのみや（真岡）で休憩して，阿見には 19:00 ごろ帰ってきました．雨に濡れながら釣りをしたせいで，その後風邪を引いた学生さんもいたようです．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
165. Zhang, L., Oh, Y., Li, H., Baldwin, I.T., and Galis, I. Alternative oxidase in resistance to biotic stresses: Nicotiana attenuata AOX contributes to resistance to a pathogen and a piercing-sucking insect but not Manduca sexta larvae. Plant Physiol. in press.
166. Holčapek, M., Jirásko, R., and Lísa, M. (2012). Recent developments in liquid chromatography–mass spectrometry and related techniques. J. Chromatogr. A 1259: 3–15.
167. Soler, R., Erb, M., and Kaplan, I. Long distance root–shoot signalling in plant–insect community interactions. Trends Plant Sci. in press.
168. Sturm, S., and Seger, C. (2012). Liquid chromatography–nuclear magnetic resonance coupling as alternative to liquid chromatography–mass spectrometry hyphenations: Curious option or powerful and complementary routine tool? J. Chromatogr. A 1259: 50–61.
169. Vrkoslav, V., and Cvačka, J. (2012). Identification of the double-bond position in fatty acid methyl esters by liquid chromatography/atmospheric pressure chemical ionisation mass spectrometry. J. Chromatogr. A 1259: 244–250.
9/22, 23 の土日には化学生態学研究室と合同で鬼怒川温泉に研究室旅行に出かけました．戸嶋先生と何人かの学生さんは都合が合わずに不参加でしたが，総勢 12 名での旅行となりました．初日はお昼に宇都宮餃子を食べてから，鬼怒川温泉の伊東園ホテルニューさくらにチェックインしました．バイキングでの夕食を取った後は，温泉，麻雀，トランプ，部屋飲みなどで夜の時間を過ごしました．二日目は天候が悪くかなり雨が降っていたのですが，一本杉渓流魚センターというところの釣り堀でニジマス釣りを行いました．あまりに雨が激しかったので，釣りたい人に釣りは任せて，私も含めて半分ぐらいの人は屋根のあるバーベキュー場で雨宿りしていました．釣り組がびしょ濡れになりながら魚を釣った後は串に刺した魚を炭火で焼いて食べました．14:30 過ぎに渓流魚センターを出て，途中道の駅にのみや（真岡）で休憩して，阿見には 19:00 ごろ帰ってきました．雨に濡れながら釣りをしたせいで，その後風邪を引いた学生さんもいたようです．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
165. Zhang, L., Oh, Y., Li, H., Baldwin, I.T., and Galis, I. Alternative oxidase in resistance to biotic stresses: Nicotiana attenuata AOX contributes to resistance to a pathogen and a piercing-sucking insect but not Manduca sexta larvae. Plant Physiol. in press.
166. Holčapek, M., Jirásko, R., and Lísa, M. (2012). Recent developments in liquid chromatography–mass spectrometry and related techniques. J. Chromatogr. A 1259: 3–15.
167. Soler, R., Erb, M., and Kaplan, I. Long distance root–shoot signalling in plant–insect community interactions. Trends Plant Sci. in press.
168. Sturm, S., and Seger, C. (2012). Liquid chromatography–nuclear magnetic resonance coupling as alternative to liquid chromatography–mass spectrometry hyphenations: Curious option or powerful and complementary routine tool? J. Chromatogr. A 1259: 50–61.
169. Vrkoslav, V., and Cvačka, J. (2012). Identification of the double-bond position in fatty acid methyl esters by liquid chromatography/atmospheric pressure chemical ionisation mass spectrometry. J. Chromatogr. A 1259: 244–250.
2012年9月21日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
161. Li, W. et al. (2012). Ectopic expression of hrf1 enhances bacterial resistance via regulation of diterpene phytoalexins, silicon and reactive oxygen species burst in rice. PLoS ONE 7: e43914.
162. Adelin, E. et al. Biotransformation of natural compounds: Unexpected thio conjugation of Sch-642305 with 3-mercaptolactate catalyzed by Aspergillus niger ATCC 16404 cells. Phytochemistry in press.
163. Khan, I.A., and Smillie, T. Implementing a “quality by design” approach to assure the safety and integrity of botanical dietary supplements. J. Nat. Prod. in press.
164. Milani, N.A., Lawrence, D.P., Elizabeth, A., A., and VanEtten, H.D. Origin of pisatin demethylase (PDA) in the genus Fusarium. Fungal Genet. Biol. in press.
161. Li, W. et al. (2012). Ectopic expression of hrf1 enhances bacterial resistance via regulation of diterpene phytoalexins, silicon and reactive oxygen species burst in rice. PLoS ONE 7: e43914.
162. Adelin, E. et al. Biotransformation of natural compounds: Unexpected thio conjugation of Sch-642305 with 3-mercaptolactate catalyzed by Aspergillus niger ATCC 16404 cells. Phytochemistry in press.
163. Khan, I.A., and Smillie, T. Implementing a “quality by design” approach to assure the safety and integrity of botanical dietary supplements. J. Nat. Prod. in press.
164. Milani, N.A., Lawrence, D.P., Elizabeth, A., A., and VanEtten, H.D. Origin of pisatin demethylase (PDA) in the genus Fusarium. Fungal Genet. Biol. in press.
2012年9月14日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
156. Kusari, S., Pandey, S.P., and Spiteller, M. Untapped mutualistic paradigms linking host plant and endophytic fungal production of similar bioactive secondary metabolites. Phytochemistry in press.
157. Abe, M. et al. Key structural features of cis-cinnamic acid as an allelochemical. Phytochemistry in press.
158. Günnewich, N. et al. A diterpene synthase from the clary sage Salvia sclarea catalyzes the cyclization of geranylgeranyl diphosphate to (8R)-hydroxy-copalyl diphosphate. Phytochemistry in press.
159. De Rybel, B. et al. (2012). A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat. Chem. Biol. 8: 798–805.
160. Gerbode, S.J., Puzey, J.R., McCormick, A.G., and Mahadevan, L. (2012). How the cucumber tendril coils and overwinds. Science 337: 1087–1091.
156. Kusari, S., Pandey, S.P., and Spiteller, M. Untapped mutualistic paradigms linking host plant and endophytic fungal production of similar bioactive secondary metabolites. Phytochemistry in press.
157. Abe, M. et al. Key structural features of cis-cinnamic acid as an allelochemical. Phytochemistry in press.
158. Günnewich, N. et al. A diterpene synthase from the clary sage Salvia sclarea catalyzes the cyclization of geranylgeranyl diphosphate to (8R)-hydroxy-copalyl diphosphate. Phytochemistry in press.
159. De Rybel, B. et al. (2012). A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat. Chem. Biol. 8: 798–805.
160. Gerbode, S.J., Puzey, J.R., McCormick, A.G., and Mahadevan, L. (2012). How the cucumber tendril coils and overwinds. Science 337: 1087–1091.
2012年9月7日金曜日
研究室セミナー & 今週の輪読
８月中は夏休みにしていた研究室セミナーを今週から再開しました．９月中は木曜日の午前中に実験報告のみを実施します．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
151. Gao, Y., Honzatko, R.B., and Peters, R.J. Terpenoid synthase structures: a so far incomplete view of complex catalysis. Nat. Prod. Rep. in press.
152. Zandalinas, S.I., Vives-Peris, V., Gómez-Cadenas, A., and Arbona, V. (2012). A fast and precise method to identify indolic glucosinolates and camalexin in plants by combining mass spectrometric and biological information. J. Agric. Food Chem. 60: 8648–8658.
153. Yamaguchi, H. et al. Phytohormones and willow gall induction by a gall-inducing sawfly. New Phytol. in press.
154. Fujikawa, T. et al. (2012). Surface α-1,3-glucan facilitates fungal stealth infection by interfering with innate immunity in plants. PLoS Pathogens 8: e1002882.
155. He, H. et al. Barnyard grass stress up regulates the biosynthesis of phenolic compounds in allelopathic rice. J. Plant Physiol. in press.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
151. Gao, Y., Honzatko, R.B., and Peters, R.J. Terpenoid synthase structures: a so far incomplete view of complex catalysis. Nat. Prod. Rep. in press.
152. Zandalinas, S.I., Vives-Peris, V., Gómez-Cadenas, A., and Arbona, V. (2012). A fast and precise method to identify indolic glucosinolates and camalexin in plants by combining mass spectrometric and biological information. J. Agric. Food Chem. 60: 8648–8658.
153. Yamaguchi, H. et al. Phytohormones and willow gall induction by a gall-inducing sawfly. New Phytol. in press.
154. Fujikawa, T. et al. (2012). Surface α-1,3-glucan facilitates fungal stealth infection by interfering with innate immunity in plants. PLoS Pathogens 8: e1002882.
155. He, H. et al. Barnyard grass stress up regulates the biosynthesis of phenolic compounds in allelopathic rice. J. Plant Physiol. in press.
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