今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
208. Kawahara, Y. et al. (2012). Simultaneous RNA-seq analysis of a mixed transcriptome of rice and blast fungus interaction. PLoS ONE 7: e49423.
209. Sriseadka, T., Wongpornchai, S., and Rayanakorn, M. (2012). Quantification of flavonoids in black rice by liquid chromatography-negative electrospray ionization tandem mass spectrometry. J. Agric. Food Chem. 60: 11723–11732.
210. Ruyter-Spira, C., Al-Babili, S., van der Krol, S., and Bouwmeester, H. The biology of strigolactones. Trends Plant Sci. in press.
211. Shan, H. et al. (2013). Biocontrol of rice blast by the phenaminomethylacetic acid producer of Bacillus methylotrophicus strain BC79. Crop Prot. 44: 29–37.
212. Zhang, H. et al. (2013). Effective multi-step functional biotransformations of steroids by a newly isolated Fusarium oxysporum SC1301. Tetrahedron 69: 184–189.
2012年11月30日金曜日
2012年11月29日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の渡邊さんで，紹介した論文は Milena Zachariasova, Marta Vaclavikova, Ondrej Lacina, Lukas Vaclavik, and Jana Hajslova: Deoxynivalenol Oligoglycosides: New “Masked” Fusarium Toxins Occurring in Malt, Beer, and Breadstuff. J. Agric. Food Chem. 60(36), 9280-9291 (2012) でした．マイコトキシンであるデオキシニバレノールの配糖体がビールやパンの製造過程でどのように増減するかについての論文です．
2012年11月23日金曜日
化学生態学実験 III，研究室セミナー & 今週の輪読
木曜日で長谷川担当の資源生物科学科三年生向けの学生実験「化学生態学実験 III」は全日程を終了しました．今年は受講生が 31 名と比較的多かったのですが，最後まで欠席者がゼロという珍しい年でした．実験自体は終了しましたが，実験レポートの提出は二週間後の 12/7（金）が締め切りです．今年は RENANDI という大学の e-ラーニングシステムにレポートをアップロードしてもらうことにしました．アップロードされたレポートに明らかな間違いがあった場合には再提出してもらう予定です．
今週の研究室セミナーの文献紹介は化学生態学研究室修士一年の吉田さんで，紹介した論文は Mayako Kutsukake, Xian-Ying Meng, Noboru Katayama, Naruo Nikoh, Harunobu Shibao & Takema Fukatsu, An insect-induced novel plant phenotype for sustaining social life in a closed system. Nat. Commun. 3, 1187 (2012) でした．閉鎖的な虫癭を形成するアブラムシが排泄物である甘露をどのように処理しているかということについての論文です．先週の研究室セミナーの文献紹介の担当は研究生の濱名君で，紹介した論文は María Fernández-Marcosa, Luis Sanza, Daniel R. Lewisb, Gloria K. Muday, and Oscar Lorenzo, Nitric oxide causes root apical meristem defects and growth inhibition while reducing PIN-FORMED 1 (PIN1)-dependent acropetal auxin transport. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108(45), 18506-18511 (2011) でした．一酸化窒素が植物の根の生長をオーキシンの極性輸送を抑えることによって制御してるということについての論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
204. Schalk, M. et al. (2012). Toward a biosynthetic route to sclareol and amber odorants. J. Am. Chem. Soc. 134: 18900–18903.
205. Savchenko, T., Pearse, I.S., Ignatia, L., Karban, R., and Dehesh, K. Insect herbivores selectively suppress the HPL branch of the oxylipin pathway in host plants. Plant J. in press.
206. Liu, Z., and Rochfort, S. A fast liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) method for quantification of major polar metabolites in plants. J. Chromatogr. B in press.
207. Dixson, D.L., and Hay, M.E. (2012). Corals chemically cue mutualistic fishes to remove competing seaweeds. Science 338: 804–807.
今週の研究室セミナーの文献紹介は化学生態学研究室修士一年の吉田さんで，紹介した論文は Mayako Kutsukake, Xian-Ying Meng, Noboru Katayama, Naruo Nikoh, Harunobu Shibao & Takema Fukatsu, An insect-induced novel plant phenotype for sustaining social life in a closed system. Nat. Commun. 3, 1187 (2012) でした．閉鎖的な虫癭を形成するアブラムシが排泄物である甘露をどのように処理しているかということについての論文です．先週の研究室セミナーの文献紹介の担当は研究生の濱名君で，紹介した論文は María Fernández-Marcosa, Luis Sanza, Daniel R. Lewisb, Gloria K. Muday, and Oscar Lorenzo, Nitric oxide causes root apical meristem defects and growth inhibition while reducing PIN-FORMED 1 (PIN1)-dependent acropetal auxin transport. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108(45), 18506-18511 (2011) でした．一酸化窒素が植物の根の生長をオーキシンの極性輸送を抑えることによって制御してるということについての論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
204. Schalk, M. et al. (2012). Toward a biosynthetic route to sclareol and amber odorants. J. Am. Chem. Soc. 134: 18900–18903.
205. Savchenko, T., Pearse, I.S., Ignatia, L., Karban, R., and Dehesh, K. Insect herbivores selectively suppress the HPL branch of the oxylipin pathway in host plants. Plant J. in press.
206. Liu, Z., and Rochfort, S. A fast liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) method for quantification of major polar metabolites in plants. J. Chromatogr. B in press.
207. Dixson, D.L., and Hay, M.E. (2012). Corals chemically cue mutualistic fishes to remove competing seaweeds. Science 338: 804–807.
2012年11月17日土曜日
化学生態学実験 III & 今週の輪読
先週の金曜日から長谷川担当の学生実験「化学生態学実験 III」がスタートしました．先週は実験の説明のための講義をやっただけだったので，実験自体は今週月曜日から本格的にスタートしました．今年の受講生は 31 名です．研究室の学生さんたちのお手伝いのおかげで前半は特に大きな問題もなく無事に折り返すことができました．来週の木曜日まで学生実験は続きます．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
199. Sun, L. et al. Functions of rice NAC transcriptional factors, ONAC122 and ONAC131, in defense responses against Magnaporthe grisea. Plant Mol. Biol. in press.
200. Lorang, J. et al. (2012).
Tricking the guard: exploiting plant defense for disease susceptibility. Science 338: 659–662.
201. Gaid, M.M. et al. (2012). Cinnamate:CoA ligase initiates the biosynthesis of a benzoate-derived xanthone phytoalexin in Hypericum calycinum cell cultures. Plant Physiol. 160: 1267–1280.
202. Zhang, K., Shafer, B.M., Demars, I.I., Matthew D., Stern, H.A., and Fasan, R. (2012). Controlled oxidation of remote sp3 C–H bonds in artemisinin via P450 catalysts with fine-tuned regio- and stereoselectivity. J. Am. Chem. Soc. 134: 18695–18704.
203. Becerra-Moreno, A., Benavides, J., Cisneros-Zevallos, L., and Jacobo-Velázquez, D.A. (2012). Plants as biofactories: glyphosate-induced production of shikimic acid and phenolic antioxidants in wounded carrot tissue. J. Agric. Food Chem. 60: 11378–11386.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
199. Sun, L. et al. Functions of rice NAC transcriptional factors, ONAC122 and ONAC131, in defense responses against Magnaporthe grisea. Plant Mol. Biol. in press.
200. Lorang, J. et al. (2012).
Tricking the guard: exploiting plant defense for disease susceptibility. Science 338: 659–662.
201. Gaid, M.M. et al. (2012). Cinnamate:CoA ligase initiates the biosynthesis of a benzoate-derived xanthone phytoalexin in Hypericum calycinum cell cultures. Plant Physiol. 160: 1267–1280.
202. Zhang, K., Shafer, B.M., Demars, I.I., Matthew D., Stern, H.A., and Fasan, R. (2012). Controlled oxidation of remote sp3 C–H bonds in artemisinin via P450 catalysts with fine-tuned regio- and stereoselectivity. J. Am. Chem. Soc. 134: 18695–18704.
203. Becerra-Moreno, A., Benavides, J., Cisneros-Zevallos, L., and Jacobo-Velázquez, D.A. (2012). Plants as biofactories: glyphosate-induced production of shikimic acid and phenolic antioxidants in wounded carrot tissue. J. Agric. Food Chem. 60: 11378–11386.
2012年11月10日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
194. Kutyniok, M., and Müller, C. (2012). Crosstalk between above- and belowground herbivores is mediated by minute metabolic responses of the host Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. 63: 6199–6210.
195. Sleighter, R.L. et al. Establishing a measure of reproducibility of ultrahigh-resolution mass spectra for complex mixtures of natural organic matter. Anal. Chem. in press.
196. Santamaria, A.R. et al. Enhancement of viniferin production in Vitis vinifera L. cv. Alphonse Lavallée cell suspensions by low-energy ultrasound alone and in combination with methyl jasmonate. J. Agric. Food Chem. in press.
197. Vaughan, A.A. et al. Liquid chromatography–mass spectrometry calibration transfer and metabolomics data fusion. Anal. Chem. in press.
198. Portolés, T., Mol, J.G.J., Sancho, J.V., and Hernández, F. Advantages of atmospheric pressure chemical ionization in gas chromatography tandem mass spectrometry: pyrethroid insecticides as a case study. Anal. Chem. in press.
194. Kutyniok, M., and Müller, C. (2012). Crosstalk between above- and belowground herbivores is mediated by minute metabolic responses of the host Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. 63: 6199–6210.
195. Sleighter, R.L. et al. Establishing a measure of reproducibility of ultrahigh-resolution mass spectra for complex mixtures of natural organic matter. Anal. Chem. in press.
196. Santamaria, A.R. et al. Enhancement of viniferin production in Vitis vinifera L. cv. Alphonse Lavallée cell suspensions by low-energy ultrasound alone and in combination with methyl jasmonate. J. Agric. Food Chem. in press.
197. Vaughan, A.A. et al. Liquid chromatography–mass spectrometry calibration transfer and metabolomics data fusion. Anal. Chem. in press.
198. Portolés, T., Mol, J.G.J., Sancho, J.V., and Hernández, F. Advantages of atmospheric pressure chemical ionization in gas chromatography tandem mass spectrometry: pyrethroid insecticides as a case study. Anal. Chem. in press.
2012年11月8日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室修士 2 年の田中君で，紹介した論文は Nelson et al. F-box protein MAX2 has dual roles in karrikin and strigolactone signaling in Arabidopsis thaliana. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 8897-8902 でした．植物を焼いたときの煙に含まれる発芽促進物質であるカリキンと枝分かれを制御する植物ホルモンであるストリゴラクトンのシロイヌナズナにおけるシグナル伝達に関する研究です．
2012年11月3日土曜日
研究室セミナー & 今週の輪読
木曜日の研究室セミナーの文献紹介の担当は修士 2 年の井上さんで，紹介した論文は Lina Gallego-Giraldo, Luis Escamilla-Trevino, Lisa A. Jackson, and Richard A. Dixon: Salicylic acid mediates the reduced growth of lignin down-regulated plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 20814-20819 (2011) でした．サリチル酸がリグニン生合成を抑制した植物の生長を制御するという内容の論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
189. Onrubia, M. et al. Coronatine, a more powerful elicitor for inducing taxane biosynthesis in Taxus media cell cultures than methyl jasmonate. J. Plant Physiol. in press.
190. Hayashi, S., Wakasa, Y., and Takaiwa, F. (2012). Functional integration between defence and IRE1-mediated ER stress response in rice. Sci. Rep. 2: 670.
191. Qin, J., He, H., Luo, S., and Li, H. (2013). Effects of rice-water chestnut intercropping on rice sheath blight and rice blast diseases. Crop Protection 43: 89–93.
192. Ding, B., Bellizzi, M.d.R., Ning, Y., Meyers, B.C., and Wang, G.-L. (2012). HDT701, a histone H4 deacetylase, negatively regulates plant innate immunity by modulating histone H4 acetylation of defense-related genes in rice. Plant Cell 24: 3783–3794.
193. Bae, N., Li, L., Lödl, M., and Lubec, G. (2012). Peptide toxin glacontryphan-M is present in the wings of the butterfly Hebomoia glaucippe (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera: Pieridae). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 109: 17920–17924.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
189. Onrubia, M. et al. Coronatine, a more powerful elicitor for inducing taxane biosynthesis in Taxus media cell cultures than methyl jasmonate. J. Plant Physiol. in press.
190. Hayashi, S., Wakasa, Y., and Takaiwa, F. (2012). Functional integration between defence and IRE1-mediated ER stress response in rice. Sci. Rep. 2: 670.
191. Qin, J., He, H., Luo, S., and Li, H. (2013). Effects of rice-water chestnut intercropping on rice sheath blight and rice blast diseases. Crop Protection 43: 89–93.
192. Ding, B., Bellizzi, M.d.R., Ning, Y., Meyers, B.C., and Wang, G.-L. (2012). HDT701, a histone H4 deacetylase, negatively regulates plant innate immunity by modulating histone H4 acetylation of defense-related genes in rice. Plant Cell 24: 3783–3794.
193. Bae, N., Li, L., Lödl, M., and Lubec, G. (2012). Peptide toxin glacontryphan-M is present in the wings of the butterfly Hebomoia glaucippe (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera: Pieridae). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 109: 17920–17924.
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