今週水曜日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室四年生の武井さんで，紹介した論文は Montillet, J.-L. et al. An abscisic acid-independent oxylipin pathway controls stomatal closure and immune defense in Arabidopsis. PLoS Biol. 11, e1001513 (2013) でした．
病原細菌に対する抵抗性反応として起こる気孔の閉孔にはアブシジン酸には依存しないオキシリピンのシグナル伝達経路が関与していることを示した報告です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
340. Newman, M.-A., Sundelin, T., Nielsen, J.T., and Erbs, G. (2013). MAMP (Microbe-Associated Molecular Pattern) triggered immunity in Plants. Front. Plant Sci. 4: 139.
341. Matsuba, Y. et al. Evolution of a complex locus for terpene biosynthesis in Solanum. Plant Cell in press.
342. Mikulic-Petkovsek, M. et al. (2013). Alteration of the content of primary and secondary metabolites in strawberry fruit by Colletotrichum nymphaeae infection. J. Agric. Food Chem. 61: 5987–5995.
343. Tocci, N. et al. (2013). Bioassay-guided fractionation of extracts from Hypericum perforatum in vitro roots treated with carboxymethylchitosans and determination of antifungal activity against human fungal pathogens. Plant Physiol. Biochem. 70: 342–347.
344. Wilcock, B.C., Endo, M.M., Uno, B.E., and Burke, M.D. (2013). C2′-OH of amphotericin B plays an important role in binding the primary sterol of human cells but not yeast cells. J. Am. Chem. Soc. 135: 8488–8491.
2013年6月29日土曜日
2013年6月21日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
335. Ghosh, S., Indukuri, K., Bondalapati, S., Saikia, A.K., and Rangan, L. (2013). Unveiling the mode of action of antibacterial labdane diterpenes from Alpinia nigra (Gaertn.) B. L. Burtt seeds. Eur. J. Med. Chem. 66: 101–105.
336. Dai, Y., Witkamp, G.J., Verpoorte, R., and Choi, Y.H. Natural deep eutectic solvents as a new extraction media for phenolic metabolites in Carthamus tinctorius L. Anal. Chem. in press.
337. Yang, J.-O., Nakayama, N., Toda, K., Tebayashi, S., and Kim, C.-S. Elicitor(s) in Sogatella furcifera (Horváth) causing the Japanese rice plant (Oryza sativa L.) to induce the ovicidal substance, benzyl benzoate. Biosci. Biotechnol. Biochem. in press.
338. Moreira, X., et al. Inducibility of chemical defences by two chewing insect herbivores in pine trees is specific to targeted plant tissue, particular herbivore and defensive trait. Phytochemistry in press.
339. Silke, A. et al. (2013). Feeding-induced rearrangement of green leaf volatiles reduces moth oviposition. eLife 2: e00421.
335. Ghosh, S., Indukuri, K., Bondalapati, S., Saikia, A.K., and Rangan, L. (2013). Unveiling the mode of action of antibacterial labdane diterpenes from Alpinia nigra (Gaertn.) B. L. Burtt seeds. Eur. J. Med. Chem. 66: 101–105.
336. Dai, Y., Witkamp, G.J., Verpoorte, R., and Choi, Y.H. Natural deep eutectic solvents as a new extraction media for phenolic metabolites in Carthamus tinctorius L. Anal. Chem. in press.
337. Yang, J.-O., Nakayama, N., Toda, K., Tebayashi, S., and Kim, C.-S. Elicitor(s) in Sogatella furcifera (Horváth) causing the Japanese rice plant (Oryza sativa L.) to induce the ovicidal substance, benzyl benzoate. Biosci. Biotechnol. Biochem. in press.
338. Moreira, X., et al. Inducibility of chemical defences by two chewing insect herbivores in pine trees is specific to targeted plant tissue, particular herbivore and defensive trait. Phytochemistry in press.
339. Silke, A. et al. (2013). Feeding-induced rearrangement of green leaf volatiles reduces moth oviposition. eLife 2: e00421.
2013年6月19日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の奥木さんで，紹介した論文は Quandt, E. M. et al. Decaffeination and measurement of caffeine content by addicted Escherichia coli with a refactored N-demethylation operon from Pseudomonas putida CBB5. ACS Synth. Biol. in press でした． 増殖にカフェインを必要とする大腸菌を遺伝子工学的に作成し，カフェインの定量や分解への応用を可能とした報告です．
2013年6月14日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
330. de Oteyza, D.G. et al. Direct imaging of covalent bond structure in single-molecule chemical reactions. Science in press.
331. Zerbe, P. et al. (2013). Gene discovery of modular diterpene metabolism in nonmodel systems. Plant Physiol. 162: 1073–1091.
332. Kim, J. et al. (2013). Structure-guided discovery of the metabolite carboxy-SAM that modulates tRNA function. Nature 498: 123–126.
333. Pereira-Caro, G. et al. Phytochemical profile of a Japanese black-purple rice. Food Chem. in press.
334. Selmar, D., and Kleinwächter, M. (2013). Stress enhances the synthesis of secondary plant products: the impact of stress-related over-reduction on the accumulation of natural products. Plant Cell Physiol. 54: 817–826.
330. de Oteyza, D.G. et al. Direct imaging of covalent bond structure in single-molecule chemical reactions. Science in press.
331. Zerbe, P. et al. (2013). Gene discovery of modular diterpene metabolism in nonmodel systems. Plant Physiol. 162: 1073–1091.
332. Kim, J. et al. (2013). Structure-guided discovery of the metabolite carboxy-SAM that modulates tRNA function. Nature 498: 123–126.
333. Pereira-Caro, G. et al. Phytochemical profile of a Japanese black-purple rice. Food Chem. in press.
334. Selmar, D., and Kleinwächter, M. (2013). Stress enhances the synthesis of secondary plant products: the impact of stress-related over-reduction on the accumulation of natural products. Plant Cell Physiol. 54: 817–826.
2013年6月12日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室四年生の鈴木君で，紹介した論文は Nobusawa, T. et al. Synthesis of very-long-chain fatty acids in the epidermis controls plant organ growth by restricting cell proliferation. PLoS Biology 11, e1001531 (2013) でした． 植物表皮の超長鎖脂肪酸生合成が植物の生長を制限していることを報告した論文です．
2013年6月8日土曜日
下村伸君の論文が Biosci. Biotechnol. Biochem. 誌に掲載
2011 年 3 月に修士課程を修了した下村伸君が筆頭著者の論文が Biosci. Biotechnol. Biochem. 誌（日本農芸化学会の英文誌）のサイトでオンライン公開されました．
Shimomura, S., Oyama, S., Nakano, K., Hasegawa, M., and Toshima, H. (2013). Stereoselective synthesis of a promising flower-inducing KODA analog, (9R,12S,13R,15Z)-9-hydroxy-12,13-methylene-10-oxooctadec-15-enoic acid. Biosci. Biotechnol. Biochem. in press.
植物の花芽の形成は日長などの環境要因によって厳密に制御されています．花咲か爺さんの昔話にあるように，花芽形成を人間の意のままに自由に制御することができれば，その技術は農業生産や育種，園芸の現場などで大変役に立つはずです．
この論文は，アオウキクサから単離された花芽形成促進物質 KODA 類縁体の立体選択的合成を報告したものです．KODA は資生堂の横山らによって発見された化合物（こちらを参照）ですが，そのまま植物生長調節剤として用いるには不安定な化合物であるため，本研究室ではシクロプロパン環を導入した化学的に安定な類縁体を設計し，その合成方法について研究を行ってきました．本論文で報告した類縁体が花芽形成促進活性を有するかは今後の研究によって明らかにしなければいけませんが，有効な花芽形成促進物質となることが期待されています．
この論文は下村君だけでなく，今年修了した大山秀芳君と 2008 年修了の中野恭平君たちの修士論文研究成果の一部をまとめたものです．
Shimomura, S., Oyama, S., Nakano, K., Hasegawa, M., and Toshima, H. (2013). Stereoselective synthesis of a promising flower-inducing KODA analog, (9R,12S,13R,15Z)-9-hydroxy-12,13-methylene-10-oxooctadec-15-enoic acid. Biosci. Biotechnol. Biochem. in press.
植物の花芽の形成は日長などの環境要因によって厳密に制御されています．花咲か爺さんの昔話にあるように，花芽形成を人間の意のままに自由に制御することができれば，その技術は農業生産や育種，園芸の現場などで大変役に立つはずです．
この論文は，アオウキクサから単離された花芽形成促進物質 KODA 類縁体の立体選択的合成を報告したものです．KODA は資生堂の横山らによって発見された化合物（こちらを参照）ですが，そのまま植物生長調節剤として用いるには不安定な化合物であるため，本研究室ではシクロプロパン環を導入した化学的に安定な類縁体を設計し，その合成方法について研究を行ってきました．本論文で報告した類縁体が花芽形成促進活性を有するかは今後の研究によって明らかにしなければいけませんが，有効な花芽形成促進物質となることが期待されています．
KODA の化学構造（天然から単離された KODA は 1R:1S = 7:3 の混合物）
本論文で報告した KODA 類縁体
2013年6月7日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
325. Cesari, S. et al. (2013). The rice resistance protein pair RGA4/RGA5 recognizes the Magnaporthe oryzae effectors AVR-Pia and AVR1-CO39 by direct binding. Plant Cell 25: 1463–1481.
326. Chi, W.-C. et al. (2013). Autotoxicity mechanism of Oryza sativa: transcriptome response in rice roots exposed to ferulic acid. BMC Genomics 14: 351.
327. Bernstein, M.A., Sýkora, S., Peng, C., Barba, A., and Cobas, C. Optimization and automation of quantitative NMR data extraction. Anal. Chem. in press.
328. Pedras, M.S.C., and Abdoli, A. Metabolism of the phytoalexins camalexins, their bioisosteres and analogues in the plant pathogenic fungus Alternaria brassicicola. Bioorg. Med. Chem. in press.
329. Patterson, D., Schnell, M., and Doyle, J.M. (2013). Enantiomer-specific detection of chiral molecules via microwave spectroscopy. Nature 497: 475–477.
325. Cesari, S. et al. (2013). The rice resistance protein pair RGA4/RGA5 recognizes the Magnaporthe oryzae effectors AVR-Pia and AVR1-CO39 by direct binding. Plant Cell 25: 1463–1481.
326. Chi, W.-C. et al. (2013). Autotoxicity mechanism of Oryza sativa: transcriptome response in rice roots exposed to ferulic acid. BMC Genomics 14: 351.
327. Bernstein, M.A., Sýkora, S., Peng, C., Barba, A., and Cobas, C. Optimization and automation of quantitative NMR data extraction. Anal. Chem. in press.
328. Pedras, M.S.C., and Abdoli, A. Metabolism of the phytoalexins camalexins, their bioisosteres and analogues in the plant pathogenic fungus Alternaria brassicicola. Bioorg. Med. Chem. in press.
329. Patterson, D., Schnell, M., and Doyle, J.M. (2013). Enantiomer-specific detection of chiral molecules via microwave spectroscopy. Nature 497: 475–477.
2013年6月5日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の渡辺さんで，紹介した論文は Kitada, S., Fujita, S., Okada, Y., Kim, S. & Chiba, K. Total synthesis of α-conotoxin MII using a soluble-tag-assisted method. Tetrahedron 69, 2555-2559 (2013) でした． 可溶性タグを用いた液相ペプチド合成法によるイモガイ由来の毒素 α-conotoxin MII の全合成に関する論文です．
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