本日で茨城大学は仕事納めで，研究室もとりあえずお休みです．新年は 1/4 から再開予定です．
修士課程二年生の井上靖乃さんが日本農芸化学会の英文誌 Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 誌に投稿していた論文が 12/25 にめでたくアクセプトされました．この論文は井上さんの卒業論文・修士論文研究の成果ですが，その基盤となるデータは卒業・修了生の阪井美紀さん，姚群さん，谷本洋輔君の卒論・修論の研究で得られたものです．詳しい内容については論文がウェブ公開されてから書きたいと思いますが，久しぶりのイネの新しいフィトアレキシンの発見を報告した論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．これで今年の輪読は終了で，新年は 1/7 から再開予定です．
228. Moheb, A. et al. Tricin biosynthesis during growth of wheat under different abiotic stresses. Plant Sci. in press.
229. Návarová, H., Bernsdorff, F., Döring, A.-C., and Zeier, J. Pipecolic acid, an endogenous mediator of defense amplification and priming, is a critical regulator of inducible plant immunity. Plant Cell in press.
230. Pedras, M.S.C., Abdoli, A., Chumala, P.B., Saha, P., and Schatte, G. Unprecedented spirocyclization of 3-methyleneindoline-2-thiones during hydrolysis of the phytoalexin cyclobrassinin. Bioorg. Med. Chem. Lett. in press.
231. Sánchez-Calvo, B., Barroso, J.B., and Corpas, F.J. (2013). Hypothesis: Nitro-fatty acids play a role in plant metabolism. Plant Sci. 199–200: 1–6.
2012年12月28日金曜日
2012年12月21日金曜日
研究室セミナー & 今週の輪読
昨日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の平石さんで，紹介した論文は Futahashi, R., Kurita, R., Mano, H., and Fukatsu, T. (2012). Redox alters yellow dragonflies into red. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 109: 12626–12631 でした．赤とんぼの雄の性成熟に伴う赤色化が色素の還元によって起こっていることを明らかにした論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
223. Lee, B. et al. (2012). Induced resistance by a long-chain bacterial volatile: elicitation of plant systemic defense by a C13 volatile produced by Paenibacillus polymyxa. PLoS ONE 7: e48744.
224. Park, C.-H. et al. The Magnaporthe oryzae effector AvrPiz-t targets the RING E3 ubiquitin ligase APIP6 to suppress pathogen-associated molecular pattern–triggered immunity in rice. Plant Cell in press.
225. Yamada, S. et al. (2012). Involvement of OsJAZ8 in jasmonate-induced resistance to bacterial blight in rice. Plant Cell Physiol. 53: 2060–2072.
226. Faraldos, J.A. et al. Probing the mechanism of 1,4-conjugate elimination reactions catalyzed by terpene synthases. J. Am. Chem. Soc. in press.
227. Kita, M. et al. (2012). Interactions of the antitumor macrolide aplyronine A with actin and actin-related proteins established by its versatile photoaffinity derivatives. J. Am. Chem. Soc. 134: 20314–20317.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
223. Lee, B. et al. (2012). Induced resistance by a long-chain bacterial volatile: elicitation of plant systemic defense by a C13 volatile produced by Paenibacillus polymyxa. PLoS ONE 7: e48744.
224. Park, C.-H. et al. The Magnaporthe oryzae effector AvrPiz-t targets the RING E3 ubiquitin ligase APIP6 to suppress pathogen-associated molecular pattern–triggered immunity in rice. Plant Cell in press.
225. Yamada, S. et al. (2012). Involvement of OsJAZ8 in jasmonate-induced resistance to bacterial blight in rice. Plant Cell Physiol. 53: 2060–2072.
226. Faraldos, J.A. et al. Probing the mechanism of 1,4-conjugate elimination reactions catalyzed by terpene synthases. J. Am. Chem. Soc. in press.
227. Kita, M. et al. (2012). Interactions of the antitumor macrolide aplyronine A with actin and actin-related proteins established by its versatile photoaffinity derivatives. J. Am. Chem. Soc. 134: 20314–20317.
2012年12月14日金曜日
Wiwik さん帰国，今週の輪読
3 ヶ月間研究室で実験に取り組んでいたインドネシアのウダヤナ大学から来た Wiwik さんが，今日で研究を終えて明日インドネシアに帰国します．残念ながら，研究は試料の難しさもあってなかなか思うようには進みませんでした．帰国してからの研究がうまく進むことを祈ります．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
218. Over, B. et al. Natural-product-derived fragments for fragment-based ligand discovery. Nat. Chem. in press.
219. Geng, X., Cheng, J., Gangadharan, A., and Mackey, D. The coronatine toxin of Pseudomonas syringae is a multifunctional suppressor of Arabidopsis defense. Plant Cell in press.
220. Miller, S.M., Samame, R.A., and Rychnovsky, S.D. Nanomole-scale assignment of configuration for primary amines using a kinetic resolution strategy. J. Am. Chem. Soc. in press.
221. Sánchez-Vallet, A. et al. (2012). Disruption of abscisic acid signaling constitutively activates Arabidopsis resistance to the necrotrophic fungus Plectosphaerella cucumerina. Plant Physiol. 160: 2109–2124.
222. Liu, X. et al. (2012). Activation of the jasmonic acid pathway by depletion of the hydroperoxide lyase OsHPL3 reveals crosstalk between the HPL and AOS branches of the oxylipin pathway in rice. PLoS ONE 7: e50089.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
218. Over, B. et al. Natural-product-derived fragments for fragment-based ligand discovery. Nat. Chem. in press.
219. Geng, X., Cheng, J., Gangadharan, A., and Mackey, D. The coronatine toxin of Pseudomonas syringae is a multifunctional suppressor of Arabidopsis defense. Plant Cell in press.
220. Miller, S.M., Samame, R.A., and Rychnovsky, S.D. Nanomole-scale assignment of configuration for primary amines using a kinetic resolution strategy. J. Am. Chem. Soc. in press.
221. Sánchez-Vallet, A. et al. (2012). Disruption of abscisic acid signaling constitutively activates Arabidopsis resistance to the necrotrophic fungus Plectosphaerella cucumerina. Plant Physiol. 160: 2109–2124.
222. Liu, X. et al. (2012). Activation of the jasmonic acid pathway by depletion of the hydroperoxide lyase OsHPL3 reveals crosstalk between the HPL and AOS branches of the oxylipin pathway in rice. PLoS ONE 7: e50089.
2012年12月13日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室四年生の伊藤さんで，紹介した論文は Liu et al. Transport of Indole-3-Butyric Acid and Indole-3-Acetic Acid in Arabidopsis Hypocotyls Using Stable Isotope Labeling. Plant Physiol. 158(4), 1988-2000 (2012) でした．シロイヌナズナ胚軸でのインドール酢酸とインドール酪酸の輸送を安定同位体標識トレーサーを用いた GC/MS 分析によって解析したという論文です．
2012年12月8日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
213. Criswell, J., Potter, K., Shephard, F., Beale, M.H., and Peters, R.J. (2012). A single residue change leads to a hydroxylated product from the class II diterpene cyclization catalyzed by abietadiene synthase. Org. Lett. 14: 5828–5831.
214. Gonda, S., Kiss, A., Emri, T., Batta, G., and Vasas, G. Filamentous fungi from Plantago lanceolata L. leaves: Contribution to the pattern and stability of bioactive metabolites. Phytochemistry in press.
215. Geu-Flores, F. et al. (2012). An alternative route to cyclic terpenes by reductive cyclization in iridoid biosynthesis. Nature 492: 138–142.
216. Stupp, G.S. et al. Chemical detoxification of small molecules by Caenorhabditis elegans. ACS Chem. Biol. in press.
217. Heinrich, M. et al. High levels of jasmonic acid antagonize the biosynthesis of gibberellins and inhibit the growth of Nicotiana attenuata stems. Plant J. in press.
213. Criswell, J., Potter, K., Shephard, F., Beale, M.H., and Peters, R.J. (2012). A single residue change leads to a hydroxylated product from the class II diterpene cyclization catalyzed by abietadiene synthase. Org. Lett. 14: 5828–5831.
214. Gonda, S., Kiss, A., Emri, T., Batta, G., and Vasas, G. Filamentous fungi from Plantago lanceolata L. leaves: Contribution to the pattern and stability of bioactive metabolites. Phytochemistry in press.
215. Geu-Flores, F. et al. (2012). An alternative route to cyclic terpenes by reductive cyclization in iridoid biosynthesis. Nature 492: 138–142.
216. Stupp, G.S. et al. Chemical detoxification of small molecules by Caenorhabditis elegans. ACS Chem. Biol. in press.
217. Heinrich, M. et al. High levels of jasmonic acid antagonize the biosynthesis of gibberellins and inhibit the growth of Nicotiana attenuata stems. Plant J. in press.
2012年12月6日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室四年生の川合君で，紹介した論文は Shim et al., AtMYB44 regulates WRKY70 expression and modulates antagonistic interaction between salicylic acid and jasmonic acid signaling. Plant J., in press でした．シロイヌナズナの転写因子 AtMYB44 が別の転写因子 WRKY70 の発現を制御し，サリチル酸とジャスモン酸の病害抵抗性反応における拮抗的作用の調節に関与しているという内容の論文です．
2012年11月30日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
208. Kawahara, Y. et al. (2012). Simultaneous RNA-seq analysis of a mixed transcriptome of rice and blast fungus interaction. PLoS ONE 7: e49423.
209. Sriseadka, T., Wongpornchai, S., and Rayanakorn, M. (2012). Quantification of flavonoids in black rice by liquid chromatography-negative electrospray ionization tandem mass spectrometry. J. Agric. Food Chem. 60: 11723–11732.
210. Ruyter-Spira, C., Al-Babili, S., van der Krol, S., and Bouwmeester, H. The biology of strigolactones. Trends Plant Sci. in press.
211. Shan, H. et al. (2013). Biocontrol of rice blast by the phenaminomethylacetic acid producer of Bacillus methylotrophicus strain BC79. Crop Prot. 44: 29–37.
212. Zhang, H. et al. (2013). Effective multi-step functional biotransformations of steroids by a newly isolated Fusarium oxysporum SC1301. Tetrahedron 69: 184–189.
208. Kawahara, Y. et al. (2012). Simultaneous RNA-seq analysis of a mixed transcriptome of rice and blast fungus interaction. PLoS ONE 7: e49423.
209. Sriseadka, T., Wongpornchai, S., and Rayanakorn, M. (2012). Quantification of flavonoids in black rice by liquid chromatography-negative electrospray ionization tandem mass spectrometry. J. Agric. Food Chem. 60: 11723–11732.
210. Ruyter-Spira, C., Al-Babili, S., van der Krol, S., and Bouwmeester, H. The biology of strigolactones. Trends Plant Sci. in press.
211. Shan, H. et al. (2013). Biocontrol of rice blast by the phenaminomethylacetic acid producer of Bacillus methylotrophicus strain BC79. Crop Prot. 44: 29–37.
212. Zhang, H. et al. (2013). Effective multi-step functional biotransformations of steroids by a newly isolated Fusarium oxysporum SC1301. Tetrahedron 69: 184–189.
2012年11月29日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の渡邊さんで，紹介した論文は Milena Zachariasova, Marta Vaclavikova, Ondrej Lacina, Lukas Vaclavik, and Jana Hajslova: Deoxynivalenol Oligoglycosides: New “Masked” Fusarium Toxins Occurring in Malt, Beer, and Breadstuff. J. Agric. Food Chem. 60(36), 9280-9291 (2012) でした．マイコトキシンであるデオキシニバレノールの配糖体がビールやパンの製造過程でどのように増減するかについての論文です．
2012年11月23日金曜日
化学生態学実験 III，研究室セミナー & 今週の輪読
木曜日で長谷川担当の資源生物科学科三年生向けの学生実験「化学生態学実験 III」は全日程を終了しました．今年は受講生が 31 名と比較的多かったのですが，最後まで欠席者がゼロという珍しい年でした．実験自体は終了しましたが，実験レポートの提出は二週間後の 12/7（金）が締め切りです．今年は RENANDI という大学の e-ラーニングシステムにレポートをアップロードしてもらうことにしました．アップロードされたレポートに明らかな間違いがあった場合には再提出してもらう予定です．
今週の研究室セミナーの文献紹介は化学生態学研究室修士一年の吉田さんで，紹介した論文は Mayako Kutsukake, Xian-Ying Meng, Noboru Katayama, Naruo Nikoh, Harunobu Shibao & Takema Fukatsu, An insect-induced novel plant phenotype for sustaining social life in a closed system. Nat. Commun. 3, 1187 (2012) でした．閉鎖的な虫癭を形成するアブラムシが排泄物である甘露をどのように処理しているかということについての論文です．先週の研究室セミナーの文献紹介の担当は研究生の濱名君で，紹介した論文は María Fernández-Marcosa, Luis Sanza, Daniel R. Lewisb, Gloria K. Muday, and Oscar Lorenzo, Nitric oxide causes root apical meristem defects and growth inhibition while reducing PIN-FORMED 1 (PIN1)-dependent acropetal auxin transport. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108(45), 18506-18511 (2011) でした．一酸化窒素が植物の根の生長をオーキシンの極性輸送を抑えることによって制御してるということについての論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
204. Schalk, M. et al. (2012). Toward a biosynthetic route to sclareol and amber odorants. J. Am. Chem. Soc. 134: 18900–18903.
205. Savchenko, T., Pearse, I.S., Ignatia, L., Karban, R., and Dehesh, K. Insect herbivores selectively suppress the HPL branch of the oxylipin pathway in host plants. Plant J. in press.
206. Liu, Z., and Rochfort, S. A fast liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) method for quantification of major polar metabolites in plants. J. Chromatogr. B in press.
207. Dixson, D.L., and Hay, M.E. (2012). Corals chemically cue mutualistic fishes to remove competing seaweeds. Science 338: 804–807.
今週の研究室セミナーの文献紹介は化学生態学研究室修士一年の吉田さんで，紹介した論文は Mayako Kutsukake, Xian-Ying Meng, Noboru Katayama, Naruo Nikoh, Harunobu Shibao & Takema Fukatsu, An insect-induced novel plant phenotype for sustaining social life in a closed system. Nat. Commun. 3, 1187 (2012) でした．閉鎖的な虫癭を形成するアブラムシが排泄物である甘露をどのように処理しているかということについての論文です．先週の研究室セミナーの文献紹介の担当は研究生の濱名君で，紹介した論文は María Fernández-Marcosa, Luis Sanza, Daniel R. Lewisb, Gloria K. Muday, and Oscar Lorenzo, Nitric oxide causes root apical meristem defects and growth inhibition while reducing PIN-FORMED 1 (PIN1)-dependent acropetal auxin transport. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108(45), 18506-18511 (2011) でした．一酸化窒素が植物の根の生長をオーキシンの極性輸送を抑えることによって制御してるということについての論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
204. Schalk, M. et al. (2012). Toward a biosynthetic route to sclareol and amber odorants. J. Am. Chem. Soc. 134: 18900–18903.
205. Savchenko, T., Pearse, I.S., Ignatia, L., Karban, R., and Dehesh, K. Insect herbivores selectively suppress the HPL branch of the oxylipin pathway in host plants. Plant J. in press.
206. Liu, Z., and Rochfort, S. A fast liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) method for quantification of major polar metabolites in plants. J. Chromatogr. B in press.
207. Dixson, D.L., and Hay, M.E. (2012). Corals chemically cue mutualistic fishes to remove competing seaweeds. Science 338: 804–807.
2012年11月17日土曜日
化学生態学実験 III & 今週の輪読
先週の金曜日から長谷川担当の学生実験「化学生態学実験 III」がスタートしました．先週は実験の説明のための講義をやっただけだったので，実験自体は今週月曜日から本格的にスタートしました．今年の受講生は 31 名です．研究室の学生さんたちのお手伝いのおかげで前半は特に大きな問題もなく無事に折り返すことができました．来週の木曜日まで学生実験は続きます．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
199. Sun, L. et al. Functions of rice NAC transcriptional factors, ONAC122 and ONAC131, in defense responses against Magnaporthe grisea. Plant Mol. Biol. in press.
200. Lorang, J. et al. (2012).
Tricking the guard: exploiting plant defense for disease susceptibility. Science 338: 659–662.
201. Gaid, M.M. et al. (2012). Cinnamate:CoA ligase initiates the biosynthesis of a benzoate-derived xanthone phytoalexin in Hypericum calycinum cell cultures. Plant Physiol. 160: 1267–1280.
202. Zhang, K., Shafer, B.M., Demars, I.I., Matthew D., Stern, H.A., and Fasan, R. (2012). Controlled oxidation of remote sp3 C–H bonds in artemisinin via P450 catalysts with fine-tuned regio- and stereoselectivity. J. Am. Chem. Soc. 134: 18695–18704.
203. Becerra-Moreno, A., Benavides, J., Cisneros-Zevallos, L., and Jacobo-Velázquez, D.A. (2012). Plants as biofactories: glyphosate-induced production of shikimic acid and phenolic antioxidants in wounded carrot tissue. J. Agric. Food Chem. 60: 11378–11386.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
199. Sun, L. et al. Functions of rice NAC transcriptional factors, ONAC122 and ONAC131, in defense responses against Magnaporthe grisea. Plant Mol. Biol. in press.
200. Lorang, J. et al. (2012).
Tricking the guard: exploiting plant defense for disease susceptibility. Science 338: 659–662.
201. Gaid, M.M. et al. (2012). Cinnamate:CoA ligase initiates the biosynthesis of a benzoate-derived xanthone phytoalexin in Hypericum calycinum cell cultures. Plant Physiol. 160: 1267–1280.
202. Zhang, K., Shafer, B.M., Demars, I.I., Matthew D., Stern, H.A., and Fasan, R. (2012). Controlled oxidation of remote sp3 C–H bonds in artemisinin via P450 catalysts with fine-tuned regio- and stereoselectivity. J. Am. Chem. Soc. 134: 18695–18704.
203. Becerra-Moreno, A., Benavides, J., Cisneros-Zevallos, L., and Jacobo-Velázquez, D.A. (2012). Plants as biofactories: glyphosate-induced production of shikimic acid and phenolic antioxidants in wounded carrot tissue. J. Agric. Food Chem. 60: 11378–11386.
2012年11月10日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
194. Kutyniok, M., and Müller, C. (2012). Crosstalk between above- and belowground herbivores is mediated by minute metabolic responses of the host Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. 63: 6199–6210.
195. Sleighter, R.L. et al. Establishing a measure of reproducibility of ultrahigh-resolution mass spectra for complex mixtures of natural organic matter. Anal. Chem. in press.
196. Santamaria, A.R. et al. Enhancement of viniferin production in Vitis vinifera L. cv. Alphonse Lavallée cell suspensions by low-energy ultrasound alone and in combination with methyl jasmonate. J. Agric. Food Chem. in press.
197. Vaughan, A.A. et al. Liquid chromatography–mass spectrometry calibration transfer and metabolomics data fusion. Anal. Chem. in press.
198. Portolés, T., Mol, J.G.J., Sancho, J.V., and Hernández, F. Advantages of atmospheric pressure chemical ionization in gas chromatography tandem mass spectrometry: pyrethroid insecticides as a case study. Anal. Chem. in press.
194. Kutyniok, M., and Müller, C. (2012). Crosstalk between above- and belowground herbivores is mediated by minute metabolic responses of the host Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. 63: 6199–6210.
195. Sleighter, R.L. et al. Establishing a measure of reproducibility of ultrahigh-resolution mass spectra for complex mixtures of natural organic matter. Anal. Chem. in press.
196. Santamaria, A.R. et al. Enhancement of viniferin production in Vitis vinifera L. cv. Alphonse Lavallée cell suspensions by low-energy ultrasound alone and in combination with methyl jasmonate. J. Agric. Food Chem. in press.
197. Vaughan, A.A. et al. Liquid chromatography–mass spectrometry calibration transfer and metabolomics data fusion. Anal. Chem. in press.
198. Portolés, T., Mol, J.G.J., Sancho, J.V., and Hernández, F. Advantages of atmospheric pressure chemical ionization in gas chromatography tandem mass spectrometry: pyrethroid insecticides as a case study. Anal. Chem. in press.
2012年11月8日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室修士 2 年の田中君で，紹介した論文は Nelson et al. F-box protein MAX2 has dual roles in karrikin and strigolactone signaling in Arabidopsis thaliana. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 8897-8902 でした．植物を焼いたときの煙に含まれる発芽促進物質であるカリキンと枝分かれを制御する植物ホルモンであるストリゴラクトンのシロイヌナズナにおけるシグナル伝達に関する研究です．
2012年11月3日土曜日
研究室セミナー & 今週の輪読
木曜日の研究室セミナーの文献紹介の担当は修士 2 年の井上さんで，紹介した論文は Lina Gallego-Giraldo, Luis Escamilla-Trevino, Lisa A. Jackson, and Richard A. Dixon: Salicylic acid mediates the reduced growth of lignin down-regulated plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 20814-20819 (2011) でした．サリチル酸がリグニン生合成を抑制した植物の生長を制御するという内容の論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
189. Onrubia, M. et al. Coronatine, a more powerful elicitor for inducing taxane biosynthesis in Taxus media cell cultures than methyl jasmonate. J. Plant Physiol. in press.
190. Hayashi, S., Wakasa, Y., and Takaiwa, F. (2012). Functional integration between defence and IRE1-mediated ER stress response in rice. Sci. Rep. 2: 670.
191. Qin, J., He, H., Luo, S., and Li, H. (2013). Effects of rice-water chestnut intercropping on rice sheath blight and rice blast diseases. Crop Protection 43: 89–93.
192. Ding, B., Bellizzi, M.d.R., Ning, Y., Meyers, B.C., and Wang, G.-L. (2012). HDT701, a histone H4 deacetylase, negatively regulates plant innate immunity by modulating histone H4 acetylation of defense-related genes in rice. Plant Cell 24: 3783–3794.
193. Bae, N., Li, L., Lödl, M., and Lubec, G. (2012). Peptide toxin glacontryphan-M is present in the wings of the butterfly Hebomoia glaucippe (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera: Pieridae). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 109: 17920–17924.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
189. Onrubia, M. et al. Coronatine, a more powerful elicitor for inducing taxane biosynthesis in Taxus media cell cultures than methyl jasmonate. J. Plant Physiol. in press.
190. Hayashi, S., Wakasa, Y., and Takaiwa, F. (2012). Functional integration between defence and IRE1-mediated ER stress response in rice. Sci. Rep. 2: 670.
191. Qin, J., He, H., Luo, S., and Li, H. (2013). Effects of rice-water chestnut intercropping on rice sheath blight and rice blast diseases. Crop Protection 43: 89–93.
192. Ding, B., Bellizzi, M.d.R., Ning, Y., Meyers, B.C., and Wang, G.-L. (2012). HDT701, a histone H4 deacetylase, negatively regulates plant innate immunity by modulating histone H4 acetylation of defense-related genes in rice. Plant Cell 24: 3783–3794.
193. Bae, N., Li, L., Lödl, M., and Lubec, G. (2012). Peptide toxin glacontryphan-M is present in the wings of the butterfly Hebomoia glaucippe (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera: Pieridae). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 109: 17920–17924.
2012年10月26日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
184. Cragg, G.M., Katz, F., Newman, D.J., and Rosenthal, J. The impact of the United Nations Convention on Biological Diversity on natural products research. Nat. Prod. Rep. in press.
185. Smolinska, A., Blanchet, L., Buydens, L.M.C., and Wijmenga, S.S. (2012). NMR and pattern recognition methods in metabolomics: From data acquisition to biomarker discovery: A review. Anal. Chim. Acta 750: 82–97.
186. Cabot, C., Gallego, B., Martos, S., Barceló, J., and Poschenrieder, C. Signal cross talk in Arabidopsis exposed to cadmium, silicon, and Botrytis cinerea. Planta in press.
187. Mosher, S. et al. The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify Arabidopsis immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner. Plant J. in press.
188. Liu, S. et al. A soybean cyst nematode resistance gene points to a new mechanism of plant resistance to pathogens. Nature in press.
184. Cragg, G.M., Katz, F., Newman, D.J., and Rosenthal, J. The impact of the United Nations Convention on Biological Diversity on natural products research. Nat. Prod. Rep. in press.
185. Smolinska, A., Blanchet, L., Buydens, L.M.C., and Wijmenga, S.S. (2012). NMR and pattern recognition methods in metabolomics: From data acquisition to biomarker discovery: A review. Anal. Chim. Acta 750: 82–97.
186. Cabot, C., Gallego, B., Martos, S., Barceló, J., and Poschenrieder, C. Signal cross talk in Arabidopsis exposed to cadmium, silicon, and Botrytis cinerea. Planta in press.
187. Mosher, S. et al. The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify Arabidopsis immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner. Plant J. in press.
188. Liu, S. et al. A soybean cyst nematode resistance gene points to a new mechanism of plant resistance to pathogens. Nature in press.
2012年10月25日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの文献紹介の担当は化学生態学研究室修士 2 年の山口君で，紹介した論文は Ueda, N., Kojima, M., Suzuki, K., and Sakakibara, H. (2012). Agrobacterium tumefaciens tumor morphology root plastid localization and preferential usage of hydroxylated prenyl donor is important for efficient gall formation. Plant Physiol. 159: 1064–1072 でした．Agrobacterium tumefaciens のゴール形成に関与するサイトカイニン生合成酵素が水酸化プレニル基を基質として用いていることを報告している論文です．
2012年10月19日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
179. Liu, G. et al. Alterations of mitochondrial protein assembly and jasmonic acid biosynthesis pathway in HL-Type CMS rice. J. Biol. Chem. in press.
180. Sánchez-Vallet, A. et al. Disruption of abscisic acid signalling constitutively activates Arabidopsis resistance to the necrotrophic fungus Plectosphaerella cucumerina. Plant Physiol. in press.
181. Chen, J., Chen, Q., and Chen, Z. Enhancing sensitivity of liquid chromatographic/ion-trap mass spectrometric determination of jasmonic acid by derivatization with N,N´-dicyclohexylcarbodiimide. Analyst in press.
182. Noutoshi, Y., Jikumaru, Y., Kamiya, Y., and Shirasu, K. (2012). ImprimatinC1, a novel plant immune-priming compound, functions as a partial agonist of salicylic acid. Sci. Rep. 2: 705.
183. Hoye, T.R., Baire, B., Niu, D., Willoughby, P.H., and Woods, B.P. (2012). The hexadehydro-Diels–Alder reaction. Nature 490: 208–212.
179. Liu, G. et al. Alterations of mitochondrial protein assembly and jasmonic acid biosynthesis pathway in HL-Type CMS rice. J. Biol. Chem. in press.
180. Sánchez-Vallet, A. et al. Disruption of abscisic acid signalling constitutively activates Arabidopsis resistance to the necrotrophic fungus Plectosphaerella cucumerina. Plant Physiol. in press.
181. Chen, J., Chen, Q., and Chen, Z. Enhancing sensitivity of liquid chromatographic/ion-trap mass spectrometric determination of jasmonic acid by derivatization with N,N´-dicyclohexylcarbodiimide. Analyst in press.
182. Noutoshi, Y., Jikumaru, Y., Kamiya, Y., and Shirasu, K. (2012). ImprimatinC1, a novel plant immune-priming compound, functions as a partial agonist of salicylic acid. Sci. Rep. 2: 705.
183. Hoye, T.R., Baire, B., Niu, D., Willoughby, P.H., and Woods, B.P. (2012). The hexadehydro-Diels–Alder reaction. Nature 490: 208–212.
2012年10月18日木曜日
研究室セミナー
今週からセミナーでの文献紹介が再会されました．今週の担当は修士 2 年の大山君で，紹介した論文は Liu, L. et al. (2012). FTIP1 Is an Essential Regulator Required for Florigen Transport. PLoS Biology 10: e1001313 でした．フロリゲン（FT タンパク質）輸送に関与するタンパク質についての論文です．
2012年10月12日金曜日
研究室中間発表会，今週の輪読
先週と今週の木曜日には生物制御化学・化学生態学研究室合同で中間発表会を行いました．残念ながら，私は先週の中間発表会にはブルカーのユーザーズミーティングに出張していたため参加できませんでした．生物制御化学研究室では二年前までは中間発表会はいつも年末にやっていたのですが，年末では「中間」というには遅過ぎるということになり，昨年は 11 月に拓かれました．今年はさらに早めて 10 月開催となったのです．時期的には確かに中間なのですが，昨今の就職活動の長期化の影響などもあり，特に四年生にとっては中間発表するネタがほとんどなくて苦しい発表になったのではないかと思います．しかし，案外アッと言う間に卒論を仕上げなければいけない時期になるので，卒論発表までには良い結果が得られるように頑張ってもらいたいと思います．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
175. Bhattacharya, A. et al. (2012). Characterization of the fungal gibberellin desaturase as a 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase and its utilization for enhancing plant growth. Plant Physiol. 160: 837–845.
176. Hara, S., Isoda, R., Tahvanainen, T., and Hashidoko, Y. (2012). Trace amounts of furan-2-carboxylic acids determine the quality of solid agar plates for bacterial culture. PLoS ONE 7: e41142.
177. Huang, X. et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice. Nature in press.
178. Citron, C.A., Rabe, P., and Dickschat, J.S. The scent of bacteria: headspace analysis for the discovery of natural products. J. Nat. Prod. in press.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
175. Bhattacharya, A. et al. (2012). Characterization of the fungal gibberellin desaturase as a 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase and its utilization for enhancing plant growth. Plant Physiol. 160: 837–845.
176. Hara, S., Isoda, R., Tahvanainen, T., and Hashidoko, Y. (2012). Trace amounts of furan-2-carboxylic acids determine the quality of solid agar plates for bacterial culture. PLoS ONE 7: e41142.
177. Huang, X. et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice. Nature in press.
178. Citron, C.A., Rabe, P., and Dickschat, J.S. The scent of bacteria: headspace analysis for the discovery of natural products. J. Nat. Prod. in press.
2012年10月5日金曜日
NMR ユーザーズミーティング，GC/MS 修理，今週の輪読
昨日，長谷川は東京コンファレンスセンター・品川で開催されたブルカー・バイオスピン NMR ユーザーズミーティングに参加してきました．昨年に聞き続き 2 回目の参加ですが，今回印象に残ったのは二次元以上の多次元 NMR の測定時間を劇的に短縮する（もしくは同等の測定時間で分解能を向上させる）Non-Uniform Sampling (NUS) という技術の紹介でした．話を聞くかぎりは何やら魔法のように素晴らしい技術で，ちょっとごまかされているのではないかという気さえしました．これを使うためには，現在，我々が使っているソフトウェアは TopSpin Ver. 2.1 なのですが，これを Ver. 3.x にバージョンアップする必要があるようです．TopSpin Ver. 3.x はいろいろ Ver. 2.x より改良されている部分もあるのですが，敢えてバージョンアップする理由は今まではなく，バージョンアップの検討はしていませんでした．この話を聞いて，先立つものさえあればバージョンアップを検討してみようかなという気になりました．
私が出張で留守にしている間に，故障中の GC/MS の修理（ターボポンプの交換）を JEOL のエンジニアの方がしてくれました．大学に戻ってから確認したところ，真空度も使えるレベルまで上がっていて，標準物質の PFK のピークも出ていたので，これでとりあえず使える状態になったと思います．もう少し様子を見る必要がありますが，これで問題なければ，当初想定していたよりも費用がかからずに済んで助かりました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
170. Charles, C. et al. (2012). Measurement of the influence of flavonoids on DNA repair kinetics using the comet assay. Food Chem. 135: 2974–2981.
171. Zhou, K. et al. Functional characterization of wheat ent-kaurene(-like) synthases indicates continuing evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
172. Wu, Y. et al. Functional characterization of wheat copalyl diphosphate synthases sheds light on the early evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
173. Matsushita, A. et al. The nuclear ubiquitin proteasome degradation affects WRKY45 function in the rice defense program. Plant J. in press.
174. Qin, X. et al. Gibberellin 20-oxidase gene, OsGA20ox3 regulates plant stature and disease development in rice. Mol. Plant Microbe Interact. in press.
私が出張で留守にしている間に，故障中の GC/MS の修理（ターボポンプの交換）を JEOL のエンジニアの方がしてくれました．大学に戻ってから確認したところ，真空度も使えるレベルまで上がっていて，標準物質の PFK のピークも出ていたので，これでとりあえず使える状態になったと思います．もう少し様子を見る必要がありますが，これで問題なければ，当初想定していたよりも費用がかからずに済んで助かりました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
170. Charles, C. et al. (2012). Measurement of the influence of flavonoids on DNA repair kinetics using the comet assay. Food Chem. 135: 2974–2981.
171. Zhou, K. et al. Functional characterization of wheat ent-kaurene(-like) synthases indicates continuing evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
172. Wu, Y. et al. Functional characterization of wheat copalyl diphosphate synthases sheds light on the early evolution of labdane-related diterpenoid metabolism in the cereals. Phytochemistry in press.
173. Matsushita, A. et al. The nuclear ubiquitin proteasome degradation affects WRKY45 function in the rice defense program. Plant J. in press.
174. Qin, X. et al. Gibberellin 20-oxidase gene, OsGA20ox3 regulates plant stature and disease development in rice. Mol. Plant Microbe Interact. in press.
2012年10月1日月曜日
LC/MS/MS，GC/MS が相次いでトラブル
LC/MS/MS（AB SCIEX 3200QTRAP）と GC/MS（JEOL GCmateII）が立て続けにトラブルになり，今日どちらの装置もメーカーのエンジニアの方達に見てもらいました．
LC/MS/MS は今月の初めに停電があったときに真空を落としたので，ついでにインターフェース部の清掃を長谷川がやったのですが，それ以降特定の化合物での MRM 測定に問題が生じてしまいました．全く問題のない化合物もあったので，非常に不思議で，とりあえず，うまくいかない化合物について，もう一度測定条件の最適化をやってみようということになりました．しかし，測定条件の最適化の途中でのプロダクトイオンスキャンでうまくピークが出ない状態になってしまいました．不思議なことに Q1 MS スキャンのあとのプロダクトイオンスキャンは必ずうまくいかないのに，一度 EPI や EMS の後にプロダクトイオンスキャンをやるとうまくいくという状態になっていました．しかし，プロダクトイオンスキャンがうまくいっている時には Q1 MS スキャンがうまくいかなくなります．これも EPI や EMS のトラップを使った測定を挟むとまたうまくいくスキャンが逆転します．一方，EPI，EMS，Q3 MS スキャンはいつでもうまくいきました．非常に不思議な現象で，こちらでは何とも対処のしようがなかったので，AB SCIEX に対応をお願いして，今日修理に来てもらったのです．
結果としては，オリフィスの汚れがトラブルの原因だったようです．私が停電後にオリフィスを清掃したときはスワブという大きな綿棒の形をしたスポンジみたいなもので拭いただけだったのですが，これでは汚れが落ちきれていなかったようで，メタノールをしみ込ませたキムワイプで拭いたら直ってしまったそうです．しかし，上述の不思議な現象がこれでなぜ起こったのかは良く分かりませんでした．とにかく，高額な部品の交換は必要とせずに作業費だけで修理が済んだので良かったです．作業費もなかなか高いので自力で直せれば良かったのですが，あまりに変な現象だったため，もう一度クリーニングをやってみようとは思わなかったのが敗因です．
GC/MS は先週他研究室の学生さんが測定しようとしたときに装置の真空度が落ちていて，再立ち上げを何度か試みても立ち上がらないという状態になってしまいました．これも今日 JEOL のエンジニアの方に見てもらったところ，ターボ分子ポンプが一台回転していないということが分かりました．もう 8 年ぐらい動いているターボ分子ポンプなので，寿命と言って良いと思います．修理のためにはポンプの交換が必要となり，現在は JEOL からの連絡待ちですが，かなり高額な修理費が予想されるので，非常に困っています．
LC/MS/MS は今月の初めに停電があったときに真空を落としたので，ついでにインターフェース部の清掃を長谷川がやったのですが，それ以降特定の化合物での MRM 測定に問題が生じてしまいました．全く問題のない化合物もあったので，非常に不思議で，とりあえず，うまくいかない化合物について，もう一度測定条件の最適化をやってみようということになりました．しかし，測定条件の最適化の途中でのプロダクトイオンスキャンでうまくピークが出ない状態になってしまいました．不思議なことに Q1 MS スキャンのあとのプロダクトイオンスキャンは必ずうまくいかないのに，一度 EPI や EMS の後にプロダクトイオンスキャンをやるとうまくいくという状態になっていました．しかし，プロダクトイオンスキャンがうまくいっている時には Q1 MS スキャンがうまくいかなくなります．これも EPI や EMS のトラップを使った測定を挟むとまたうまくいくスキャンが逆転します．一方，EPI，EMS，Q3 MS スキャンはいつでもうまくいきました．非常に不思議な現象で，こちらでは何とも対処のしようがなかったので，AB SCIEX に対応をお願いして，今日修理に来てもらったのです．
結果としては，オリフィスの汚れがトラブルの原因だったようです．私が停電後にオリフィスを清掃したときはスワブという大きな綿棒の形をしたスポンジみたいなもので拭いただけだったのですが，これでは汚れが落ちきれていなかったようで，メタノールをしみ込ませたキムワイプで拭いたら直ってしまったそうです．しかし，上述の不思議な現象がこれでなぜ起こったのかは良く分かりませんでした．とにかく，高額な部品の交換は必要とせずに作業費だけで修理が済んだので良かったです．作業費もなかなか高いので自力で直せれば良かったのですが，あまりに変な現象だったため，もう一度クリーニングをやってみようとは思わなかったのが敗因です．
GC/MS は先週他研究室の学生さんが測定しようとしたときに装置の真空度が落ちていて，再立ち上げを何度か試みても立ち上がらないという状態になってしまいました．これも今日 JEOL のエンジニアの方に見てもらったところ，ターボ分子ポンプが一台回転していないということが分かりました．もう 8 年ぐらい動いているターボ分子ポンプなので，寿命と言って良いと思います．修理のためにはポンプの交換が必要となり，現在は JEOL からの連絡待ちですが，かなり高額な修理費が予想されるので，非常に困っています．
2012年9月28日金曜日
Wiwik さん来日，研究室旅行，今週の輪読
先週の水曜日から外国人研究者としてインドネシアのウダヤナ大学講師の Wiwik さんが生物制御化学研究室に滞在することになりました．Wiwik さんは大学教員であると同時に博士課程の学生でもあり，博士論文をまとめるために茨城大学で機器分析を用いた天然有機化合物の構造解析を行う予定です．月曜日には研究室の学生さんたちとささやかな歓迎会を霞光荘で行いました．日本語の話せない外国人研究者を受入れるのは生物制御化学研究室としては久しぶりです．学生さんたちは（長谷川も）貧しい英会話能力で何とかコミュニケーションを取らなければならないので苦労していますが，そういう経験も良い刺激になると思います．Wiwik さんの滞在期間は三か月と短いですが，是非博士論文に使える良いデータを出してもらいたいと思います．
9/22, 23 の土日には化学生態学研究室と合同で鬼怒川温泉に研究室旅行に出かけました．戸嶋先生と何人かの学生さんは都合が合わずに不参加でしたが，総勢 12 名での旅行となりました．初日はお昼に宇都宮餃子を食べてから，鬼怒川温泉の伊東園ホテルニューさくらにチェックインしました．バイキングでの夕食を取った後は，温泉，麻雀，トランプ，部屋飲みなどで夜の時間を過ごしました．二日目は天候が悪くかなり雨が降っていたのですが，一本杉渓流魚センターというところの釣り堀でニジマス釣りを行いました．あまりに雨が激しかったので，釣りたい人に釣りは任せて，私も含めて半分ぐらいの人は屋根のあるバーベキュー場で雨宿りしていました．釣り組がびしょ濡れになりながら魚を釣った後は串に刺した魚を炭火で焼いて食べました．14:30 過ぎに渓流魚センターを出て，途中道の駅にのみや（真岡）で休憩して，阿見には 19:00 ごろ帰ってきました．雨に濡れながら釣りをしたせいで，その後風邪を引いた学生さんもいたようです．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
165. Zhang, L., Oh, Y., Li, H., Baldwin, I.T., and Galis, I. Alternative oxidase in resistance to biotic stresses: Nicotiana attenuata AOX contributes to resistance to a pathogen and a piercing-sucking insect but not Manduca sexta larvae. Plant Physiol. in press.
166. Holčapek, M., Jirásko, R., and Lísa, M. (2012). Recent developments in liquid chromatography–mass spectrometry and related techniques. J. Chromatogr. A 1259: 3–15.
167. Soler, R., Erb, M., and Kaplan, I. Long distance root–shoot signalling in plant–insect community interactions. Trends Plant Sci. in press.
168. Sturm, S., and Seger, C. (2012). Liquid chromatography–nuclear magnetic resonance coupling as alternative to liquid chromatography–mass spectrometry hyphenations: Curious option or powerful and complementary routine tool? J. Chromatogr. A 1259: 50–61.
169. Vrkoslav, V., and Cvačka, J. (2012). Identification of the double-bond position in fatty acid methyl esters by liquid chromatography/atmospheric pressure chemical ionisation mass spectrometry. J. Chromatogr. A 1259: 244–250.
9/22, 23 の土日には化学生態学研究室と合同で鬼怒川温泉に研究室旅行に出かけました．戸嶋先生と何人かの学生さんは都合が合わずに不参加でしたが，総勢 12 名での旅行となりました．初日はお昼に宇都宮餃子を食べてから，鬼怒川温泉の伊東園ホテルニューさくらにチェックインしました．バイキングでの夕食を取った後は，温泉，麻雀，トランプ，部屋飲みなどで夜の時間を過ごしました．二日目は天候が悪くかなり雨が降っていたのですが，一本杉渓流魚センターというところの釣り堀でニジマス釣りを行いました．あまりに雨が激しかったので，釣りたい人に釣りは任せて，私も含めて半分ぐらいの人は屋根のあるバーベキュー場で雨宿りしていました．釣り組がびしょ濡れになりながら魚を釣った後は串に刺した魚を炭火で焼いて食べました．14:30 過ぎに渓流魚センターを出て，途中道の駅にのみや（真岡）で休憩して，阿見には 19:00 ごろ帰ってきました．雨に濡れながら釣りをしたせいで，その後風邪を引いた学生さんもいたようです．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
165. Zhang, L., Oh, Y., Li, H., Baldwin, I.T., and Galis, I. Alternative oxidase in resistance to biotic stresses: Nicotiana attenuata AOX contributes to resistance to a pathogen and a piercing-sucking insect but not Manduca sexta larvae. Plant Physiol. in press.
166. Holčapek, M., Jirásko, R., and Lísa, M. (2012). Recent developments in liquid chromatography–mass spectrometry and related techniques. J. Chromatogr. A 1259: 3–15.
167. Soler, R., Erb, M., and Kaplan, I. Long distance root–shoot signalling in plant–insect community interactions. Trends Plant Sci. in press.
168. Sturm, S., and Seger, C. (2012). Liquid chromatography–nuclear magnetic resonance coupling as alternative to liquid chromatography–mass spectrometry hyphenations: Curious option or powerful and complementary routine tool? J. Chromatogr. A 1259: 50–61.
169. Vrkoslav, V., and Cvačka, J. (2012). Identification of the double-bond position in fatty acid methyl esters by liquid chromatography/atmospheric pressure chemical ionisation mass spectrometry. J. Chromatogr. A 1259: 244–250.
2012年9月21日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
161. Li, W. et al. (2012). Ectopic expression of hrf1 enhances bacterial resistance via regulation of diterpene phytoalexins, silicon and reactive oxygen species burst in rice. PLoS ONE 7: e43914.
162. Adelin, E. et al. Biotransformation of natural compounds: Unexpected thio conjugation of Sch-642305 with 3-mercaptolactate catalyzed by Aspergillus niger ATCC 16404 cells. Phytochemistry in press.
163. Khan, I.A., and Smillie, T. Implementing a “quality by design” approach to assure the safety and integrity of botanical dietary supplements. J. Nat. Prod. in press.
164. Milani, N.A., Lawrence, D.P., Elizabeth, A., A., and VanEtten, H.D. Origin of pisatin demethylase (PDA) in the genus Fusarium. Fungal Genet. Biol. in press.
161. Li, W. et al. (2012). Ectopic expression of hrf1 enhances bacterial resistance via regulation of diterpene phytoalexins, silicon and reactive oxygen species burst in rice. PLoS ONE 7: e43914.
162. Adelin, E. et al. Biotransformation of natural compounds: Unexpected thio conjugation of Sch-642305 with 3-mercaptolactate catalyzed by Aspergillus niger ATCC 16404 cells. Phytochemistry in press.
163. Khan, I.A., and Smillie, T. Implementing a “quality by design” approach to assure the safety and integrity of botanical dietary supplements. J. Nat. Prod. in press.
164. Milani, N.A., Lawrence, D.P., Elizabeth, A., A., and VanEtten, H.D. Origin of pisatin demethylase (PDA) in the genus Fusarium. Fungal Genet. Biol. in press.
2012年9月14日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
156. Kusari, S., Pandey, S.P., and Spiteller, M. Untapped mutualistic paradigms linking host plant and endophytic fungal production of similar bioactive secondary metabolites. Phytochemistry in press.
157. Abe, M. et al. Key structural features of cis-cinnamic acid as an allelochemical. Phytochemistry in press.
158. Günnewich, N. et al. A diterpene synthase from the clary sage Salvia sclarea catalyzes the cyclization of geranylgeranyl diphosphate to (8R)-hydroxy-copalyl diphosphate. Phytochemistry in press.
159. De Rybel, B. et al. (2012). A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat. Chem. Biol. 8: 798–805.
160. Gerbode, S.J., Puzey, J.R., McCormick, A.G., and Mahadevan, L. (2012). How the cucumber tendril coils and overwinds. Science 337: 1087–1091.
156. Kusari, S., Pandey, S.P., and Spiteller, M. Untapped mutualistic paradigms linking host plant and endophytic fungal production of similar bioactive secondary metabolites. Phytochemistry in press.
157. Abe, M. et al. Key structural features of cis-cinnamic acid as an allelochemical. Phytochemistry in press.
158. Günnewich, N. et al. A diterpene synthase from the clary sage Salvia sclarea catalyzes the cyclization of geranylgeranyl diphosphate to (8R)-hydroxy-copalyl diphosphate. Phytochemistry in press.
159. De Rybel, B. et al. (2012). A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat. Chem. Biol. 8: 798–805.
160. Gerbode, S.J., Puzey, J.R., McCormick, A.G., and Mahadevan, L. (2012). How the cucumber tendril coils and overwinds. Science 337: 1087–1091.
2012年9月7日金曜日
研究室セミナー & 今週の輪読
８月中は夏休みにしていた研究室セミナーを今週から再開しました．９月中は木曜日の午前中に実験報告のみを実施します．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
151. Gao, Y., Honzatko, R.B., and Peters, R.J. Terpenoid synthase structures: a so far incomplete view of complex catalysis. Nat. Prod. Rep. in press.
152. Zandalinas, S.I., Vives-Peris, V., Gómez-Cadenas, A., and Arbona, V. (2012). A fast and precise method to identify indolic glucosinolates and camalexin in plants by combining mass spectrometric and biological information. J. Agric. Food Chem. 60: 8648–8658.
153. Yamaguchi, H. et al. Phytohormones and willow gall induction by a gall-inducing sawfly. New Phytol. in press.
154. Fujikawa, T. et al. (2012). Surface α-1,3-glucan facilitates fungal stealth infection by interfering with innate immunity in plants. PLoS Pathogens 8: e1002882.
155. He, H. et al. Barnyard grass stress up regulates the biosynthesis of phenolic compounds in allelopathic rice. J. Plant Physiol. in press.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
151. Gao, Y., Honzatko, R.B., and Peters, R.J. Terpenoid synthase structures: a so far incomplete view of complex catalysis. Nat. Prod. Rep. in press.
152. Zandalinas, S.I., Vives-Peris, V., Gómez-Cadenas, A., and Arbona, V. (2012). A fast and precise method to identify indolic glucosinolates and camalexin in plants by combining mass spectrometric and biological information. J. Agric. Food Chem. 60: 8648–8658.
153. Yamaguchi, H. et al. Phytohormones and willow gall induction by a gall-inducing sawfly. New Phytol. in press.
154. Fujikawa, T. et al. (2012). Surface α-1,3-glucan facilitates fungal stealth infection by interfering with innate immunity in plants. PLoS Pathogens 8: e1002882.
155. He, H. et al. Barnyard grass stress up regulates the biosynthesis of phenolic compounds in allelopathic rice. J. Plant Physiol. in press.
2012年8月31日金曜日
停電 & 今週の輪読
明日は年に一度の電気設備点検のための停電が 9:00～18:00 の間にあります．今日は停電に備えて MS や NMR を停止させました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
146. Matsuura, H. et al. Transportation of de novo synthesized jasmonoyl isoleucine in tomato. Phytochemistry in press.
147. Agati, G., Azzarello, E., Pollastri, S., and Tattini, M. Flavonoids as antioxidants in plants: location and functional significance. Plant Sci. in press.
148. Valmalette, J.C. et al. (2012). Light- induced electron transfer and ATP synthesis in a carotene synthesizing insect. Sci. Rep. 2: 579.
149. Tello, E., Castellanos, L., Arévalo-Ferro, C., and Duque, C. Disruption in quorum-sensing systems and bacterial biofilm inhibition by cembranoid diterpenes isolated from the octocoral Eunicea knighti. J. Nat. Prod. in press.
150. Sadanandom, A., Bailey, M., Ewan, R., Lee, J., and Nelis, S. The ubiquitin–proteasome system: central modifier of plant signalling. New Phytol. in press.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
146. Matsuura, H. et al. Transportation of de novo synthesized jasmonoyl isoleucine in tomato. Phytochemistry in press.
147. Agati, G., Azzarello, E., Pollastri, S., and Tattini, M. Flavonoids as antioxidants in plants: location and functional significance. Plant Sci. in press.
148. Valmalette, J.C. et al. (2012). Light- induced electron transfer and ATP synthesis in a carotene synthesizing insect. Sci. Rep. 2: 579.
149. Tello, E., Castellanos, L., Arévalo-Ferro, C., and Duque, C. Disruption in quorum-sensing systems and bacterial biofilm inhibition by cembranoid diterpenes isolated from the octocoral Eunicea knighti. J. Nat. Prod. in press.
150. Sadanandom, A., Bailey, M., Ewan, R., Lee, J., and Nelis, S. The ubiquitin–proteasome system: central modifier of plant signalling. New Phytol. in press.
2012年8月24日金曜日
今週の輪読
先週は輪読を夏休みにしましたが，今週から再開です．今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
141. Caniard, A. et al. (2012). Discovery and functional characterization of two diterpene synthases for sclareol biosynthesis in Salvia sclarea (L.) and their relevance for perfume manufacture. BMC Plant Biol. 12: 119.
142. Woldemariam, M.G., Onkokesung, N., Baldwin, I.T., and Galis, I. Jasmonoyl-L-isoleucine hydrolase 1 (Jih1) regulates jasmonoyl-L-isoleucine levels and attenuates plant defenses against herbivores. Plant J. in press.
143. Nisha, S. et al. Effect of plant compounds on induced activities of defense-related enzymes and pathogenesis related protein in bacterial blight disease susceptible rice plant. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
144. Nour-Eldin, H.H. et al. (2012). NRT/PTR transporters are essential for translocation of glucosinolate defence compounds to seeds. Nature 488: 531–534.
145. Aliferis, K.A., and Jabaji, S. (2012). FT-ICR/MS and GC-EI/MS metabolomics networking unravels global potato sprout’s responses to Rhizoctonia solani infection. PLoS ONE 7: e42576.
141. Caniard, A. et al. (2012). Discovery and functional characterization of two diterpene synthases for sclareol biosynthesis in Salvia sclarea (L.) and their relevance for perfume manufacture. BMC Plant Biol. 12: 119.
142. Woldemariam, M.G., Onkokesung, N., Baldwin, I.T., and Galis, I. Jasmonoyl-L-isoleucine hydrolase 1 (Jih1) regulates jasmonoyl-L-isoleucine levels and attenuates plant defenses against herbivores. Plant J. in press.
143. Nisha, S. et al. Effect of plant compounds on induced activities of defense-related enzymes and pathogenesis related protein in bacterial blight disease susceptible rice plant. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
144. Nour-Eldin, H.H. et al. (2012). NRT/PTR transporters are essential for translocation of glucosinolate defence compounds to seeds. Nature 488: 531–534.
145. Aliferis, K.A., and Jabaji, S. (2012). FT-ICR/MS and GC-EI/MS metabolomics networking unravels global potato sprout’s responses to Rhizoctonia solani infection. PLoS ONE 7: e42576.
2012年8月12日日曜日
先週の輪読
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．火曜日は長谷川も出張で学生さんも一人しか研究室に来ていなかったので，輪読は中止でした．今週は輪読はお休みで，8/20 から再スタートです．
137. Shariatgorji, M. et al. Deuterated matrix-assisted laser desorption ionization matrix uncovers masked mass spectrometry imaging signals of small molecules. Anal. Chem. in press.
138. Wu, S., Peiffer, M., Luthe, D.S., and Felton, G.W. (2012). ATP hydrolyzing salivary enzymes of caterpillars suppress plant defenses. PLoS ONE 7: e41947.
139. Liscombe, D.K., Louie, G.V., and Noel, J.P. Architectures, mechanisms and molecular evolution of natural product methyltransferases. Nat. Prod. Rep. in press.
140. Zuther, K. et al. (2012). Host specificity of Sporisorium reilianum is tightly linked to generation of the phytoalexin luteolinidin by Sorghum bicolor. Mol. Plant Microbe Interact. 25: 1230–1237.
137. Shariatgorji, M. et al. Deuterated matrix-assisted laser desorption ionization matrix uncovers masked mass spectrometry imaging signals of small molecules. Anal. Chem. in press.
138. Wu, S., Peiffer, M., Luthe, D.S., and Felton, G.W. (2012). ATP hydrolyzing salivary enzymes of caterpillars suppress plant defenses. PLoS ONE 7: e41947.
139. Liscombe, D.K., Louie, G.V., and Noel, J.P. Architectures, mechanisms and molecular evolution of natural product methyltransferases. Nat. Prod. Rep. in press.
140. Zuther, K. et al. (2012). Host specificity of Sporisorium reilianum is tightly linked to generation of the phytoalexin luteolinidin by Sorghum bicolor. Mol. Plant Microbe Interact. 25: 1230–1237.
2012年8月5日日曜日
期末試験，大学院入試，小学校教員理科研修会＆先週の輪読
世間的には夏休み真っ盛りですが，大学の夏休み開始はもうちょっと先で，水曜日（8/1）から農学部では期末試験が始まり，土曜日（8/4）には大学院入試が実施されました．補講期間も入れると 8/10 までが授業期間で，8/11 からがやっと夏休みになります．
木曜日（8/2）には，長谷川が担当する小学校の先生向けの理科研修会が開催されました．これは茨城県教育委員会と茨城大学の共同事業である「いばらきサイエンスキッズ育成プラン」の一環として行われたものです．小学校では理科を専門としない先生も理科の授業を担当しなければいけませんので，そのような先生方の理科教育技能の向上を目的とした研修です．長谷川は昨年に引き続きこの研修を担当することになり，水溶液の性質や酸性アルカリ性などのことについての理論的な講義と市販のジュースなどを使って酸性アルカリ性での色の変化を観察する実習を行いました．実習については大学院生の井上さんに補助員として協力をしてもらいました（実際のところは実習部分はほぼ井上さんにおまかせ）．午前中は長谷川が担当し，午後は地域環境科学科の黒田先生が水質分析の実習を実施されたそうです．
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．
132. Yang, J.Y., Moon, E., Nam, S.H., and Friedman, M. (2012). Antidiabetic effects of rice hull smoke extract on glucose-regulating mechanism in type 2 diabetic mice. J. Agric. Food Chem. 60: 7442–7449.
133. Abreu, A.C., McBain, A.J., and Simoes, M. Plants as sources of new antimicrobials and resistance-modifying agents. Nat. Prod. Rep. in press.
134. Schober, Y., Guenther, S., Spengler, B., and Römpp, A. Single cell matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging. Anal. Chem. in press.
135. Kato-Noguchi, H., Ota, K., and Kujime, H. Absorption of momilactone A and B by Arabidopsis thaliana L. and the growth inhibitory effects. J. Plant Physiol. in press.
136. Pedras, M.S.C., and Sarma-Mamillapalle, V. Metabolism and metabolites of dithiocarbamates in the plant pathogenic fungus Leptosphaeria maculans. J. Agric. Food Chem. in press.
木曜日（8/2）には，長谷川が担当する小学校の先生向けの理科研修会が開催されました．これは茨城県教育委員会と茨城大学の共同事業である「いばらきサイエンスキッズ育成プラン」の一環として行われたものです．小学校では理科を専門としない先生も理科の授業を担当しなければいけませんので，そのような先生方の理科教育技能の向上を目的とした研修です．長谷川は昨年に引き続きこの研修を担当することになり，水溶液の性質や酸性アルカリ性などのことについての理論的な講義と市販のジュースなどを使って酸性アルカリ性での色の変化を観察する実習を行いました．実習については大学院生の井上さんに補助員として協力をしてもらいました（実際のところは実習部分はほぼ井上さんにおまかせ）．午前中は長谷川が担当し，午後は地域環境科学科の黒田先生が水質分析の実習を実施されたそうです．
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．
132. Yang, J.Y., Moon, E., Nam, S.H., and Friedman, M. (2012). Antidiabetic effects of rice hull smoke extract on glucose-regulating mechanism in type 2 diabetic mice. J. Agric. Food Chem. 60: 7442–7449.
133. Abreu, A.C., McBain, A.J., and Simoes, M. Plants as sources of new antimicrobials and resistance-modifying agents. Nat. Prod. Rep. in press.
134. Schober, Y., Guenther, S., Spengler, B., and Römpp, A. Single cell matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging. Anal. Chem. in press.
135. Kato-Noguchi, H., Ota, K., and Kujime, H. Absorption of momilactone A and B by Arabidopsis thaliana L. and the growth inhibitory effects. J. Plant Physiol. in press.
136. Pedras, M.S.C., and Sarma-Mamillapalle, V. Metabolism and metabolites of dithiocarbamates in the plant pathogenic fungus Leptosphaeria maculans. J. Agric. Food Chem. in press.
2012年7月28日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
127. Badri, D.V., Chaparro, J.M., Manter, D.K., Martinoia, E., and Vivanco, J.M. (2012). Influence of ATP-binding cassette (ABC) transporters in root exudation of phytoalexins, signals and in disease resistance. Front. Plant Sci. 3: 149.
128. López-Gresa, M.P. et al. Metabolic fingerprinting of Tomato Mosaic Virus infected Solanum lycopersicum. J. Plant Physiol. in press.
129. Rosenstiel, T.N., Shortlidge, E.E., Melnychenko, A.N., Pankow, J.F., and Eppley, S.M. Sex-specific volatile compounds influence microarthropod-mediated fertilization of moss. Nature in press.
130. Zhao, N. et al. A SABATH Methyltransferase from the moss Physcomitrella patens catalyzes S-methylation of thiols and has a role in detoxification. Phytochemistry in press.
131. Rogers, J.L., and MacMillan, J.B. A labeled substrate approach to discovery of biocatalytic reactions: a proof of concept transformation with N-methylindole. J. Am. Chem. Soc. in press.
127. Badri, D.V., Chaparro, J.M., Manter, D.K., Martinoia, E., and Vivanco, J.M. (2012). Influence of ATP-binding cassette (ABC) transporters in root exudation of phytoalexins, signals and in disease resistance. Front. Plant Sci. 3: 149.
128. López-Gresa, M.P. et al. Metabolic fingerprinting of Tomato Mosaic Virus infected Solanum lycopersicum. J. Plant Physiol. in press.
129. Rosenstiel, T.N., Shortlidge, E.E., Melnychenko, A.N., Pankow, J.F., and Eppley, S.M. Sex-specific volatile compounds influence microarthropod-mediated fertilization of moss. Nature in press.
130. Zhao, N. et al. A SABATH Methyltransferase from the moss Physcomitrella patens catalyzes S-methylation of thiols and has a role in detoxification. Phytochemistry in press.
131. Rogers, J.L., and MacMillan, J.B. A labeled substrate approach to discovery of biocatalytic reactions: a proof of concept transformation with N-methylindole. J. Am. Chem. Soc. in press.
2012年7月25日水曜日
研究室セミナー
昨日の研究室セミナーの論文紹介の担当は四年生の渡邊さんで，紹介した論文は Niloufer G Irani et al. Fluorescent castasterone reveals BRI1 signaling from the plasma membrane. Nat. Chem. Biol. 8(6), 583-589 (2012) でした．蛍光標識カスタステロンを用いたブラシノステロイド受容体 BRI1 シグナル伝達機構のエンドサイトーシスとの関連性についての論文です．
研究室セミナーは今日で一旦終了して夏休みに入り，9 月から実験の進捗報告，10 月から文献紹介を再開予定です．
研究室セミナーは今日で一旦終了して夏休みに入り，9 月から実験の進捗報告，10 月から文献紹介を再開予定です．
2012年7月21日土曜日
農学部オープンキャンパス＆今週の輪読
今日は農学部のオープンキャンパスが開催されました．例年は非常に暑いことが多いのですが，今年はこの時期にしては非常に涼しく，幸い雨も降らなかったので，非常に過ごしやすくて良かったです．全体では 600 名以上の来場者があり，かなり盛況だったようですが，生物制御化学研究室の見学に来ていただいた方は多くても 20 名といったところでした．生物制御化学研究室は研究棟の一階にあり，周りには機械室とか電気室とか共通機器室しかないので，あまり見学してくれる人が多くないのです．長谷川はここ数年はオープンキャンパス全体の行事の係をすることが多く，あまり研究室公開の方に関与していなかったのですが，今年は全体の役割がなかったので，NMR や MS などの説明を担当しました．また，長谷川の大学時代の同級生が高校二年生の娘さんと一緒に見学に来てくれました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
123. Polgár, L. et al. (2012). Retrospective screening of relevant pesticide metabolites in food using liquid chromatography high resolution mass spectrometry and accurate-mass databases of parent molecules and diagnostic fragment ions. J. Chromatogr. A 1249: 83–91.
124. Futahashi, R., Kurita, R., Mano, H., and Fukatsu, T. Redox alters yellow dragonflies into red. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
125. Mewis, I. et al. UV-B irradiation changes specifically the secondary metabolite profile in broccoli sprouts – Induced signaling overlaps with defense response to biotic stressors. Plant Cell Physiol. in press.
126. Sánchez-Patán, F. et al. Capability of Lactobacillus plantarum IFPL935 To catabolize flavan-3-ol compounds and complex phenolic extracts. J. Agric. Food Chem. in press.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
123. Polgár, L. et al. (2012). Retrospective screening of relevant pesticide metabolites in food using liquid chromatography high resolution mass spectrometry and accurate-mass databases of parent molecules and diagnostic fragment ions. J. Chromatogr. A 1249: 83–91.
124. Futahashi, R., Kurita, R., Mano, H., and Fukatsu, T. Redox alters yellow dragonflies into red. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
125. Mewis, I. et al. UV-B irradiation changes specifically the secondary metabolite profile in broccoli sprouts – Induced signaling overlaps with defense response to biotic stressors. Plant Cell Physiol. in press.
126. Sánchez-Patán, F. et al. Capability of Lactobacillus plantarum IFPL935 To catabolize flavan-3-ol compounds and complex phenolic extracts. J. Agric. Food Chem. in press.
2012年7月19日木曜日
研究室セミナー
昨日の研究室セミナーの論文紹介の担当は四年生の平石さんで，紹介した論文は Kim, J., Tooker, J.F., Luthe, D.S., De Moraes, C.M., and Felton, G.W. (2012). Insect eggs can enhance wound response in plants: a study system of tomato Solanum lycopersicum L. and Helicoverpa zea Boddie. PLoS ONE 7: e37420 でした．タバコスズメガの産卵がトマトの傷害抵抗性を増強するという内容の論文です．
2012年7月13日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
118. Tivendale, N.D. et al. (2012). Biosynthesis of the halogenated auxin, 4-chloroindole-3-acetic acid. Plant Physiol. 159: 1055–1063.
119. Ralhan, A. et al. (2012). The vascular pathogen Verticillium longisporum requires a jasmonic acid-independent COI1 function in roots to elicit disease symptoms in Arabidopsis shoots. Plant Physiol. 159: 1192–1203.
120. Boyd, R.S. Plant defense using toxic inorganic ions: conceptual models of the defensive enhancement and joint effects hypotheses. Plant Sci. in press.
121. Dempsey, D.M.A., and Klessig, D.F. SOS – too many signals for systemic acquired resistance? Trends Plant Sci. in press.
122. Li, Y., Zhang, Z., Nie, Y., Zhang, L., and Wang, Z. Proteomic analysis of salicylic acid induced resistance to Magnaporthe oryzae in susceptible and resistant rice. Proteomics in press.
118. Tivendale, N.D. et al. (2012). Biosynthesis of the halogenated auxin, 4-chloroindole-3-acetic acid. Plant Physiol. 159: 1055–1063.
119. Ralhan, A. et al. (2012). The vascular pathogen Verticillium longisporum requires a jasmonic acid-independent COI1 function in roots to elicit disease symptoms in Arabidopsis shoots. Plant Physiol. 159: 1192–1203.
120. Boyd, R.S. Plant defense using toxic inorganic ions: conceptual models of the defensive enhancement and joint effects hypotheses. Plant Sci. in press.
121. Dempsey, D.M.A., and Klessig, D.F. SOS – too many signals for systemic acquired resistance? Trends Plant Sci. in press.
122. Li, Y., Zhang, Z., Nie, Y., Zhang, L., and Wang, Z. Proteomic analysis of salicylic acid induced resistance to Magnaporthe oryzae in susceptible and resistant rice. Proteomics in press.
2012年7月11日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は化学生態学研究室四年生の貫井君で，紹介した論文は Kanno et al. Identification of an abscisic acid transporter by functional screening using the receptor complex as a sensor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 109(24), 9653-9658 (2012) でした．アブシジン酸の細胞内への輸送に関わるトランスポーターについての論文です．
2012年7月7日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
113. Boué, S.M. et al. Glyceollins, soy isoflavone phytoalexins, improve oral glucose disposal by stimulating glucose uptake. J. Agric. Food Chem. in press.
114. Zhang, K. et al. Protocol for an electrospray ionization tandem mass spectral product ion library: development and application for identification of 240 pesticides in foods. Anal. Chem. in press.
115. Desgagné-Penix, I., and Facchini, P.J. Systematic silencing of benzylisoquinoline alkaloid biosynthetic genes reveals the major route to papaverine in opium poppy. Plant J. in press.
116. Großkinsky, D.K., van der Graaff, E., and Roitsch, T. Phytoalexin transgenics in crop protection - fairy tale with a happy end? Plant Sci. in press.
117. Westfall, C.S. et al. (2012). Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins. Science 336: 1708–1711.
113. Boué, S.M. et al. Glyceollins, soy isoflavone phytoalexins, improve oral glucose disposal by stimulating glucose uptake. J. Agric. Food Chem. in press.
114. Zhang, K. et al. Protocol for an electrospray ionization tandem mass spectral product ion library: development and application for identification of 240 pesticides in foods. Anal. Chem. in press.
115. Desgagné-Penix, I., and Facchini, P.J. Systematic silencing of benzylisoquinoline alkaloid biosynthetic genes reveals the major route to papaverine in opium poppy. Plant J. in press.
116. Großkinsky, D.K., van der Graaff, E., and Roitsch, T. Phytoalexin transgenics in crop protection - fairy tale with a happy end? Plant Sci. in press.
117. Westfall, C.S. et al. (2012). Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins. Science 336: 1708–1711.
2012年7月4日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は化学生態学研究室四年生の川合君で，紹介した論文は Kallenbach, M., Bonaventure, G., Gilardoni, P.A., Wissgott, A., and Baldwin, I.T. (2012). Empoasca leafhoppers attack wild tobacco plants in a jasmonate-dependent manner and identify jasmonate mutants in natural populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 109: E1548–E1557 でした． ヨコバイがタバコのジャスモン酸生合成や受容の変異体を選択して食害するという内容の論文です．
2012年6月30日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
108. Kliebenstein, D.J., and Osbourn, A. Making new molecules – evolution of pathways for novel metabolites in plants. Curr. Opin. Plant Biol. in press.
109. Steimetz, E. et al. Influence of leaf age on induced resistance in grapevine against Plasmopara viticola. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
110. Wasternack, C., Forner, S., Strnad, M., and Hause, B. Jasmonates in flower and seed development. Biochimie in press.
111. Shin, J., Heidrich, K., Sanchez-Villarreal, A., Parker, J.E., and Davis, S.J. TIME FOR COFFEE represses accumulation of the MYC2 transcription factor to provide time-of-day regulation of jasmonate signaling in Arabidopsis. Plant Cell in press.
112. Behie, S.W., Zelisko, P.M., and Bidochka, M.J. (2012). Endophytic insect-parasitic fungi translocate nitrogen directly from insects to plants. Science 336: 1576–1577.
108. Kliebenstein, D.J., and Osbourn, A. Making new molecules – evolution of pathways for novel metabolites in plants. Curr. Opin. Plant Biol. in press.
109. Steimetz, E. et al. Influence of leaf age on induced resistance in grapevine against Plasmopara viticola. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
110. Wasternack, C., Forner, S., Strnad, M., and Hause, B. Jasmonates in flower and seed development. Biochimie in press.
111. Shin, J., Heidrich, K., Sanchez-Villarreal, A., Parker, J.E., and Davis, S.J. TIME FOR COFFEE represses accumulation of the MYC2 transcription factor to provide time-of-day regulation of jasmonate signaling in Arabidopsis. Plant Cell in press.
112. Behie, S.W., Zelisko, P.M., and Bidochka, M.J. (2012). Endophytic insect-parasitic fungi translocate nitrogen directly from insects to plants. Science 336: 1576–1577.
2012年6月27日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は化学生態学研究室四年生の伊藤さんで，紹介した論文は Xing Liu, Jerry D. Cohen, and Gary Gardner, Low-Fluence Red Light Increases the Transport and Biosynthesis of Auxin. Plant Physiol. 2011 157: 891-904 でした． オーキシンの極性輸送と生合成に及ぼす赤色光の影響についての論文です．
2012年6月24日日曜日
先週の輪読
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．
103. Helander, M., Saloniemi, I., and Saikkonen, K. Glyphosate in northern ecosystems. Trends Plant Sci. in press.
104. Hong, G.-J., Xue, X.-Y., Mao, Y.-B., Wang, L.-J., and Chen, X.-Y. Arabidopsis MYC2 interacts with DELLA proteins in regulating sesquiterpene synthase gene expression. Plant Cell in press.
105. Liu, T. et al. (2012). Chitin-induced dimerization activates a plant immune receptor. Science 336: 1160–1164.
106. Romagnolo, D.F., Davis, C.D., and Milner, J.A. (2012). Phytoalexins in cancer prevention. Front. Biosci. 17: 2035–2058.
107. Fu, Z.Q. et al. (2012). NPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants. Nature 486: 228–232.
103. Helander, M., Saloniemi, I., and Saikkonen, K. Glyphosate in northern ecosystems. Trends Plant Sci. in press.
104. Hong, G.-J., Xue, X.-Y., Mao, Y.-B., Wang, L.-J., and Chen, X.-Y. Arabidopsis MYC2 interacts with DELLA proteins in regulating sesquiterpene synthase gene expression. Plant Cell in press.
105. Liu, T. et al. (2012). Chitin-induced dimerization activates a plant immune receptor. Science 336: 1160–1164.
106. Romagnolo, D.F., Davis, C.D., and Milner, J.A. (2012). Phytoalexins in cancer prevention. Front. Biosci. 17: 2035–2058.
107. Fu, Z.Q. et al. (2012). NPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants. Nature 486: 228–232.
2012年6月20日水曜日
研究室セミナー
昨日の研究室セミナーの文献紹介の担当は四年生の福島さんで紹介した論文は Rodríguez, A. et al. (2011). Terpene down-regulation in orange reveals the role of fruit aromas in mediating interactions with insect herbivores and pathogens. Plant Physiol. 156: 793–802 でした．リモネンの生産を抑制した形質転換オレンジの病虫害抑制についての論文です．
2012年6月15日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
98. Rafiqi, M., Ellis, J.G., Ludowici, V.A., Hardham, A.R., and Dodds, P.N. Challenges and progress towards understanding the role of effectors in plant–fungal interactions. Curr. Opin. Plant Biol. in press.
99. Petrone, P.M. et al. Rethinking molecular similarity: comparing compounds on the basis of biological activity. ACS Chem. Biol. in press.
100. Lorenzo, T.M., Mizuno, H., Tsuyama, N., Harada, T., and Masujima, T. In situ molecular analysis of plant tissues by live single-cell mass spectrometry. Anal. Chem. in press.
101. Nomura, T., Ogita, S., and Kato, Y. (2012). A novel lactone-forming carboxylesterase: molecular identification of a tuliposide A-converting enzyme in tulip. Plant Physiol. 159: 565–578.
102. Otto, R. et al. Single solvent molecules can affect the dynamics of substitution reactions. Nat. Chem. in press.
98. Rafiqi, M., Ellis, J.G., Ludowici, V.A., Hardham, A.R., and Dodds, P.N. Challenges and progress towards understanding the role of effectors in plant–fungal interactions. Curr. Opin. Plant Biol. in press.
99. Petrone, P.M. et al. Rethinking molecular similarity: comparing compounds on the basis of biological activity. ACS Chem. Biol. in press.
100. Lorenzo, T.M., Mizuno, H., Tsuyama, N., Harada, T., and Masujima, T. In situ molecular analysis of plant tissues by live single-cell mass spectrometry. Anal. Chem. in press.
101. Nomura, T., Ogita, S., and Kato, Y. (2012). A novel lactone-forming carboxylesterase: molecular identification of a tuliposide A-converting enzyme in tulip. Plant Physiol. 159: 565–578.
102. Otto, R. et al. Single solvent molecules can affect the dynamics of substitution reactions. Nat. Chem. in press.
2012年6月14日木曜日
研究室セミナー
昨日の研究室セミナーから四年生の文献紹介が始まりました．昨日の担当は前田君で紹介した論文は Tian, D. et al. (2012). Salivary glucose oxidase from caterpillars mediates the induction of rapid and delayed-induced defenses in the tomato plant. PLoS ONE 7: e36168 でした．アメリカタバコガ幼虫の唾液に含まれるグルコースオキシダーゼによるトマトの抵抗性誘導についての論文です．
2012年6月10日日曜日
研究室セミナー＆先週の輪読
更新が遅れてしまいました．先週水曜日の研究室セミナーの論文紹介の担当は化学生態学研究室修士一年の吉田さんで，紹介した論文は Danielle Goodspeed, E. Wassim Chehab, Amelia Min-Venditti, Janet Braam, and Michael F. Covington, Arabidopsis synchronizes jasmonate-mediated defense with insect circadian behavior. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109(12), 4674-4677 (2012) でした． 昆虫の摂食行動とシロイヌナズナのそれに対するジャスモン酸を介した抵抗性反応が概日リズムの支配を受けているという論文です．
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．
93. Cantrell, C.L., Dayan, F.E., and Duke, S.O. Natural products as sources for new pesticides. J. Nat. Prod. in press.
94. Yan, Y. et al. (2012). Disruption of OPR7 and OPR8 reveals the versatile functions of jasmonic acid in maize development and defense. Plant Cell 24: 1420–1436.
95. Pauli, G.F., Chen, S.-N., Friesen, J.B., McAlpine, J.B., and Jaki, B.U. (2012). Analysis and purification of bioactive natural products: the AnaPurNa study. J. Nat. Prod. in press.
96. Dave, A., and Graham, I.A. (2012). Oxylipin signalling: a distinct role for the jasmonic acid precursor cis-(+)-12-oxo-phytodienoic acid (OPDA). Frontiers in Plant Science 3: 42.
97. Wang, S., and Fu, J. (2011). Insights into auxin signaling in plant–pathogen interactions. Frontiers in Plant Science 2: 74.
先週の輪読では下記の論文を取り上げました．
93. Cantrell, C.L., Dayan, F.E., and Duke, S.O. Natural products as sources for new pesticides. J. Nat. Prod. in press.
94. Yan, Y. et al. (2012). Disruption of OPR7 and OPR8 reveals the versatile functions of jasmonic acid in maize development and defense. Plant Cell 24: 1420–1436.
95. Pauli, G.F., Chen, S.-N., Friesen, J.B., McAlpine, J.B., and Jaki, B.U. (2012). Analysis and purification of bioactive natural products: the AnaPurNa study. J. Nat. Prod. in press.
96. Dave, A., and Graham, I.A. (2012). Oxylipin signalling: a distinct role for the jasmonic acid precursor cis-(+)-12-oxo-phytodienoic acid (OPDA). Frontiers in Plant Science 3: 42.
97. Wang, S., and Fu, J. (2011). Insights into auxin signaling in plant–pathogen interactions. Frontiers in Plant Science 2: 74.
2012年6月1日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
88. Takos, A.M., and Rook, F. Why biosynthetic genes for chemical defense compounds cluster. Trends Plant Sci. in press.
89. Wyszynski, F.J. et al. Biosynthesis of the tunicamycin antibiotics proceeds via unique exo-glycal intermediates. Nat. Chem. in press.
90. Kim, J., Tooker, J.F., Luthe, D.S., De Moraes, C.M., and Felton, G.W. (2012). Insect eggs can enhance wound response in plants: a study system of tomato Solanum lycopersicum L. and Helicoverpa zea Boddie. PLoS ONE 7: e37420.
91. Kallenbach, M., Bonaventure, G., Gilardoni, P.A., Wissgott, A., and Baldwin, I.T. Empoasca leafhoppers attack wild tobacco plants in a jasmonate-dependent manner and identify jasmonate mutants in natural populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
92. Francisco, M., Cartea, M.E., Butrón, A., Sotelo, T., and Velasco, P. Environmental and genetic effects on yield and secondary metabolite production in Brassica rapa crops. J. Agric. Food Chem. in press.
88. Takos, A.M., and Rook, F. Why biosynthetic genes for chemical defense compounds cluster. Trends Plant Sci. in press.
89. Wyszynski, F.J. et al. Biosynthesis of the tunicamycin antibiotics proceeds via unique exo-glycal intermediates. Nat. Chem. in press.
90. Kim, J., Tooker, J.F., Luthe, D.S., De Moraes, C.M., and Felton, G.W. (2012). Insect eggs can enhance wound response in plants: a study system of tomato Solanum lycopersicum L. and Helicoverpa zea Boddie. PLoS ONE 7: e37420.
91. Kallenbach, M., Bonaventure, G., Gilardoni, P.A., Wissgott, A., and Baldwin, I.T. Empoasca leafhoppers attack wild tobacco plants in a jasmonate-dependent manner and identify jasmonate mutants in natural populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
92. Francisco, M., Cartea, M.E., Butrón, A., Sotelo, T., and Velasco, P. Environmental and genetic effects on yield and secondary metabolite production in Brassica rapa crops. J. Agric. Food Chem. in press.
2012年5月30日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は研究生の濱名君で，紹介した論文は Rasmann, S. et al. (2012). Herbivory in the previous generation primes plants for enhanced insect resistance. Plant Physiol. 158: 854–863 でした． 植物の食害昆虫に対する抵抗性反応が世代を超えて増強されるメカニズムについての論文です．
2012年5月25日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
83. Mano, Y., and Nemoto, K. (2012). The pathway of auxin biosynthesis in plants. J. Exp. Bot. 63: 2853–2872.
84. Qiu, F., Friesen, J.B., McAlpine, J.B., and Pauli, G.F. (2012). Design of countercurrent separation of Ginkgo biloba terpene lactones by nuclear magnetic resonance. J. Chromatogr. A 1242: 26–34.
85. Pedras, M.S.C., and Sarma-Mamillapalle, V.K. The cruciferous phytoalexins rapalexin A, brussalexin A and erucalexin: chemistry and metabolism in Leptosphaeria maculans. Bioorg. Med. Chem. in press.
86. Bingol, K., Zhang, F., Bruschweiler-Li, L., and Brüschweiler, R. Carbon backbone topology of the metabolome of a cell. J. Am. Chem. Soc. in press.
87. Irani, N.G. et al. (2012). Fluorescent castasterone reveals BRI1 signaling from the plasma membrane. Nat. Chem. Biol. 8: 583–589.
83. Mano, Y., and Nemoto, K. (2012). The pathway of auxin biosynthesis in plants. J. Exp. Bot. 63: 2853–2872.
84. Qiu, F., Friesen, J.B., McAlpine, J.B., and Pauli, G.F. (2012). Design of countercurrent separation of Ginkgo biloba terpene lactones by nuclear magnetic resonance. J. Chromatogr. A 1242: 26–34.
85. Pedras, M.S.C., and Sarma-Mamillapalle, V.K. The cruciferous phytoalexins rapalexin A, brussalexin A and erucalexin: chemistry and metabolism in Leptosphaeria maculans. Bioorg. Med. Chem. in press.
86. Bingol, K., Zhang, F., Bruschweiler-Li, L., and Brüschweiler, R. Carbon backbone topology of the metabolome of a cell. J. Am. Chem. Soc. in press.
87. Irani, N.G. et al. (2012). Fluorescent castasterone reveals BRI1 signaling from the plasma membrane. Nat. Chem. Biol. 8: 583–589.
2012年5月23日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は化学生態学研究室修士二年の山口君で，紹介した論文は Elisabeth Stes, Els Prinsen, Marcelle Holsters, and Danny Vereecke, Plant-derived auxin plays an accessory role in symptom development upon Rhodococcus fascians infection. Plant J. 70(3), 513-527 (2012) でした． 植物病原細菌 R. fascians によるゴール形成における植物由来オーキシンの関与についての論文です．
2012年5月18日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
78. Xiong, X.-J., Rao, W.-B., Guo, X.-F., Wang, H., and Zhang, H.-S. Ultrasensitive determination of jasmonic acid in plant tissues using high performance liquid chromatography with fluorescence detection. J. Agric. Food Chem. in press.
79. Ivanov, D.A., and Bernards, M.A. (2012). Ginsenosidases and the pathogenicity of Pythium irregulare. Phytochemistry 78: 44–53.
80. Barbez, E. et al. (2012). A novel putative auxin carrier family regulates intracellular auxin homeostasis in plants. Nature 485: 119–122.
81. Yang, D.-L. et al. Plant hormone jasmonate prioritizes defense over growth by interfering with gibberellin signaling cascade. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
82. Rai, R., Ranjan, M., Pradhan, B.B., and Chatterjee, S. (2012). A typical Regulation of Virulence-Associated Functions by a Diffusible Signal Factor in Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Mol. Plant Microbe Interact. 25: 789–801.
78. Xiong, X.-J., Rao, W.-B., Guo, X.-F., Wang, H., and Zhang, H.-S. Ultrasensitive determination of jasmonic acid in plant tissues using high performance liquid chromatography with fluorescence detection. J. Agric. Food Chem. in press.
79. Ivanov, D.A., and Bernards, M.A. (2012). Ginsenosidases and the pathogenicity of Pythium irregulare. Phytochemistry 78: 44–53.
80. Barbez, E. et al. (2012). A novel putative auxin carrier family regulates intracellular auxin homeostasis in plants. Nature 485: 119–122.
81. Yang, D.-L. et al. Plant hormone jasmonate prioritizes defense over growth by interfering with gibberellin signaling cascade. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
82. Rai, R., Ranjan, M., Pradhan, B.B., and Chatterjee, S. (2012). A typical Regulation of Virulence-Associated Functions by a Diffusible Signal Factor in Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Mol. Plant Microbe Interact. 25: 789–801.
2012年5月16日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介の担当は修士二年の大山君で，紹介した論文は Philipp Winter, Wolf Hiller, and Mathias Christmann, Access to Skipped Polyene Macrolides through Ring-Closing Metathesis: Total Synthesis of the RNA Polymerase Inhibitor Ripostatin B. Angew. Chem. Int. Ed. 51(14), 3396-3400 (2012) でした． RNA ポリメラーゼ阻害剤 ripostatin B の閉環メタセシス反応を用いた全合成についての論文です．
2012年5月12日土曜日
研究室セミナー＆今週の輪読
今週の研究室セミナー（水曜午前実施）の論文紹介の担当は化学生態学研究室修士二年の田中君で，紹介した論文は Malinowski et al. Gall formation in clubroot-infected arabidopsis results from an increase in existing meristematic activities of the host but is not essential for the completion of the pathogen life cycle. Plant J. in press でした．根瘤病のゴール形成機構に関しての論文です．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
73. Kikuchi, Y. et al. Symbiont-mediated insecticide resistance. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
74. Dick, R. et al. (2012). Comparative analysis of benzoxazinoid biosynthesis in monocots and dicots: independent recruitment of stabilization and activation functions. Plant Cell 24: 915–928.
75. Ye, M. et al. (2012). Silencing COI1 in rice increases susceptibility to chewing insects and impairs inducible defense. PLoS ONE 7: e36214.
76. Tian, D. et al. (2012). Salivary glucose oxidase from caterpillars mediates the induction of rapid and delayed-induced defenses in the tomato plant. PLoS ONE 7: e36168.
77. Zhang, S., Wei, J., and Kang, L. (2012). Transcriptional analysis of Arabidopsis thaliana response to lima bean volatiles. PLoS ONE 7: e35867.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
73. Kikuchi, Y. et al. Symbiont-mediated insecticide resistance. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
74. Dick, R. et al. (2012). Comparative analysis of benzoxazinoid biosynthesis in monocots and dicots: independent recruitment of stabilization and activation functions. Plant Cell 24: 915–928.
75. Ye, M. et al. (2012). Silencing COI1 in rice increases susceptibility to chewing insects and impairs inducible defense. PLoS ONE 7: e36214.
76. Tian, D. et al. (2012). Salivary glucose oxidase from caterpillars mediates the induction of rapid and delayed-induced defenses in the tomato plant. PLoS ONE 7: e36168.
77. Zhang, S., Wei, J., and Kang, L. (2012). Transcriptional analysis of Arabidopsis thaliana response to lima bean volatiles. PLoS ONE 7: e35867.
2012年5月3日木曜日
研究室セミナー＆今週の輪読
研究室セミナーは今週から論文紹介が始まりました．また，今週は前回の研究室年間計画発表会に出席できなかった 3 人の学生さんの年間計画発表も行いました．今週の論文紹介の担当は修士二年の井上さんで，紹介した論文は Zhou et al. (2012). Evidence for the natural toxins from the mushroom trogia venenata as a cause of sudden unexpected death in Yunnan Province, China. Angew. Chem. Int. Ed. 51(10): 2368–2370 でした．中国雲南省でのキノコ中毒の原因となる毒素の単離・構造解析についての論文です．
今週は輪読は火水の 2 日しかできませんでした．取り上げたのは下記の論文です．
71. Calderón, V., Luz Irina A. et al. (2012). A combinatorial TIR1/AFB–Aux/IAA co-receptor system for differential sensing of auxin. Nat. Chem. Biol. 8(5): 477–485.
72. Tong, X. et al. The rice hydroperoxide lyase OsHPL3 functions in defense responses by modulating the oxylipin pathway. Plant J. in press.
今週は輪読は火水の 2 日しかできませんでした．取り上げたのは下記の論文です．
71. Calderón, V., Luz Irina A. et al. (2012). A combinatorial TIR1/AFB–Aux/IAA co-receptor system for differential sensing of auxin. Nat. Chem. Biol. 8(5): 477–485.
72. Tong, X. et al. The rice hydroperoxide lyase OsHPL3 functions in defense responses by modulating the oxylipin pathway. Plant J. in press.
2012年4月27日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
66. Sobhy, I. et al. Less is more: treatment with BTH and laminarin reduces herbivore-induced volatile emissions in maize but increases parasitoid attraction. J. Chem. Ecol. in press.
67. Vega, N.M., Allison, K.R., Khalil, A.S., and Collins, J.J. Signaling-mediated bacterial persister formation. Nat. Chem. Biol. in press.
68. Shimizu, T. et al. Purification and identification of naringenin 7-O-methyltransferase, a key enzyme in the biosynthesis of the flavonoid phytoalexin sakuranetin in rice. J. Biol. Chem. in press.
69. Zhang, Y.-F. et al. Butenolide inhibits marine fouling by altering the primary metabolism of three target organisms. ACS Chem. Biol. in press.
70. Ghiviriga, I. Selective excitation 1D-NMR experiments for the assignment of the absolute configuration of secondary alcohols. J. Org. Chem. in press.
明日から GW に入ります．輪読は暦通りで来週は 2 回だけ開催予定です．
66. Sobhy, I. et al. Less is more: treatment with BTH and laminarin reduces herbivore-induced volatile emissions in maize but increases parasitoid attraction. J. Chem. Ecol. in press.
67. Vega, N.M., Allison, K.R., Khalil, A.S., and Collins, J.J. Signaling-mediated bacterial persister formation. Nat. Chem. Biol. in press.
68. Shimizu, T. et al. Purification and identification of naringenin 7-O-methyltransferase, a key enzyme in the biosynthesis of the flavonoid phytoalexin sakuranetin in rice. J. Biol. Chem. in press.
69. Zhang, Y.-F. et al. Butenolide inhibits marine fouling by altering the primary metabolism of three target organisms. ACS Chem. Biol. in press.
70. Ghiviriga, I. Selective excitation 1D-NMR experiments for the assignment of the absolute configuration of secondary alcohols. J. Org. Chem. in press.
明日から GW に入ります．輪読は暦通りで来週は 2 回だけ開催予定です．
2012年4月22日日曜日
2012年4月21日土曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
61. Liu, D., Chen, X., Liu, J., Ye, J., and Guo, Z. (2012). The rice ERF transcription factor OsERF922 negatively regulates resistance to Magnaporthe oryzae and salt tolerance. J. Exp. Bot. in press.
62. González-Lamothe, R., El Oirdi, M., Brisson, N., and Bouarab, K. (2012). The conjugated auxin indole-3-acetic acid–aspartic acid promotes plant disease development. Plant Cell 24: 762–777.
63. Zakharenkova, T.S., Aver’yanov, A.A., Pasechnik, T.D., Lapikova, V.P., and Baker, C.J. (2012). Surface contact of cucumber or rice leaves with water can suppress their fungal diseases. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
64. De Vleesschauwer, D. et al. (2012). Brassinosteroids antagonize gibberellin- and salicylate-mediated root immunity in rice. Plant Physiol. 158: 1833–1846.
65. Louis, J. et al. (2012). Discrimination of Arabidopsis PAD4 activities in defense against green peach aphid and pathogens. Plant Physiol. 158: 1860–1872.
61. Liu, D., Chen, X., Liu, J., Ye, J., and Guo, Z. (2012). The rice ERF transcription factor OsERF922 negatively regulates resistance to Magnaporthe oryzae and salt tolerance. J. Exp. Bot. in press.
62. González-Lamothe, R., El Oirdi, M., Brisson, N., and Bouarab, K. (2012). The conjugated auxin indole-3-acetic acid–aspartic acid promotes plant disease development. Plant Cell 24: 762–777.
63. Zakharenkova, T.S., Aver’yanov, A.A., Pasechnik, T.D., Lapikova, V.P., and Baker, C.J. (2012). Surface contact of cucumber or rice leaves with water can suppress their fungal diseases. Physiol. Mol. Plant Pathol. in press.
64. De Vleesschauwer, D. et al. (2012). Brassinosteroids antagonize gibberellin- and salicylate-mediated root immunity in rice. Plant Physiol. 158: 1833–1846.
65. Louis, J. et al. (2012). Discrimination of Arabidopsis PAD4 activities in defense against green peach aphid and pathogens. Plant Physiol. 158: 1860–1872.
2012年4月13日金曜日
授業開始＆今週の輪読
茨城大学農学部は 4/11 から今年度の授業が開始されました．例年よりは授業開始が遅くなっていますが，水戸で学ぶ一年次生と授業開始を揃えたためです．今年は桜の開花が遅かったので，ちょうどキャンパスの桜が満開の時期に新年度スタートとなりました．戸嶋先生担当の有機化学は昨日から，長谷川担当の化学生態学入門は今日から授業が始まりました．また，4/11 からは化学生態学研究室と合同のセミナーも開始しました．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
56. Tassoni, A., Durante, L., and Ferri, M. (2012). Combined elicitation of methyl-jasmonate and red light on stilbene and anthocyanin biosynthesis. J. Plant Physiol. in press.
57. Oukacine, F. et al. (2012). Study of antibacterial activity by capillary electrophoresis using multiple UV detection points. Anal. Chem. in press.
58. Peng, Y. et al. (2012). In vivo nanoelectrospray for the localization of bioactive molecules in plants by mass spectrometry. Anal. Chem. in press.
59. Sandjo, L.P. et al. (2012). Coumarin derivatives from Pedilanthus tithymaloides as inhibitors of conidial germination in Magnaporthe oryzae. Tetrahedron Lett. 53: 2153–2156.
60. Wang, K., Senthil-Kumar, M., Ryu, C.-M., Kang, L., and Mysore, K.S. (2012). Phytosterols play a key role in plant innate immunity against bacterial pathogens by regulating nutrient efflux into the apoplast. Plant Physiol. 158: 1789–1802.
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
56. Tassoni, A., Durante, L., and Ferri, M. (2012). Combined elicitation of methyl-jasmonate and red light on stilbene and anthocyanin biosynthesis. J. Plant Physiol. in press.
57. Oukacine, F. et al. (2012). Study of antibacterial activity by capillary electrophoresis using multiple UV detection points. Anal. Chem. in press.
58. Peng, Y. et al. (2012). In vivo nanoelectrospray for the localization of bioactive molecules in plants by mass spectrometry. Anal. Chem. in press.
59. Sandjo, L.P. et al. (2012). Coumarin derivatives from Pedilanthus tithymaloides as inhibitors of conidial germination in Magnaporthe oryzae. Tetrahedron Lett. 53: 2153–2156.
60. Wang, K., Senthil-Kumar, M., Ryu, C.-M., Kang, L., and Mysore, K.S. (2012). Phytosterols play a key role in plant innate immunity against bacterial pathogens by regulating nutrient efflux into the apoplast. Plant Physiol. 158: 1789–1802.
2012年4月7日土曜日
今週の輪読
今週から研究室が新メンバーで新しいスタートを切りましたので，輪読も始まりました．今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
51. Chaturvedi, R. et al. (2012). An abietane diterpenoid is a potent activator of systemic acquired resistance. Plant J. in press.
52. Kikuta, Y. et al. (2012). Identification and characterization of a GDSL-Lipase like protein that catalyzes the ester forming reaction for pyrethrin biosynthesis in Tanacetum cinerariifolium - a new target for plant protection. Plant J. in press.
53. Han, Y. et al. Simultaneous determination of jasmonic acid epimers as phytohormones by chiral liquid chromatography-quadrupole time-of-flight mass spectrometry and their epimerization study. J. Chromatogr. A in press.
54. Maes, P., Monakhova, Y.B., Kuballa, T., Reusch, H., and Lachenmeier, D.W. (2012). Qualitative and quantitative control of carbonated cola beverages using 1H NMR spectroscopy. J. Agric. Food Chem. in press.
55. Bellow, S., Latouche, G., Brown, S.C., Poutaraud, A., and Cerovic, Z.G. (2012). In vivo localization at the cellular level of stilbene fluorescence induced by Plasmopara viticola in grapevine leaves. J. Exp. Bot. in press.
51. Chaturvedi, R. et al. (2012). An abietane diterpenoid is a potent activator of systemic acquired resistance. Plant J. in press.
52. Kikuta, Y. et al. (2012). Identification and characterization of a GDSL-Lipase like protein that catalyzes the ester forming reaction for pyrethrin biosynthesis in Tanacetum cinerariifolium - a new target for plant protection. Plant J. in press.
53. Han, Y. et al. Simultaneous determination of jasmonic acid epimers as phytohormones by chiral liquid chromatography-quadrupole time-of-flight mass spectrometry and their epimerization study. J. Chromatogr. A in press.
54. Maes, P., Monakhova, Y.B., Kuballa, T., Reusch, H., and Lachenmeier, D.W. (2012). Qualitative and quantitative control of carbonated cola beverages using 1H NMR spectroscopy. J. Agric. Food Chem. in press.
55. Bellow, S., Latouche, G., Brown, S.C., Poutaraud, A., and Cerovic, Z.G. (2012). In vivo localization at the cellular level of stilbene fluorescence induced by Plasmopara viticola in grapevine leaves. J. Exp. Bot. in press.
2012年4月2日月曜日
新年度
茨城大学では授業は 4/11 から開始ですが，今日から生物制御化学研究室は新年度のスタートを切りました．今年のメンバーは修士 2 年 2 名，学部 4 年 4 名，研究生 1 名で，トータルの人数は昨年度より一名少なくなりました．
今日は年度始めなので，毎年やっている試薬の棚卸し作業を行いました．茨城大学では IASO というウェブベースのシステムを使って試薬の管理をしているのですが，現物とデータベースの整合性を年に一回チェックする作業です．生物制御化学研究室ではリストに登録されている試薬が 1200 以上あるので，なかなか大変な作業なのです．これでも数年前に 3000 以上あった試薬を大幅に整理してかなり減らした数です．今日は学生さんみんなで協力して作業したので，比較的すんなり終わりました．
今日は年度始めなので，毎年やっている試薬の棚卸し作業を行いました．茨城大学では IASO というウェブベースのシステムを使って試薬の管理をしているのですが，現物とデータベースの整合性を年に一回チェックする作業です．生物制御化学研究室ではリストに登録されている試薬が 1200 以上あるので，なかなか大変な作業なのです．これでも数年前に 3000 以上あった試薬を大幅に整理してかなり減らした数です．今日は学生さんみんなで協力して作業したので，比較的すんなり終わりました．
2012年3月26日月曜日
日本農芸化学会 2012 年度大会
3 月 22 ～ 26 日に日本農芸化学会 2012 年度大会が京都女子大学などで開催されました．生物制御化学研究室からは博士の学位を授与されたばかりの井坂哲也君が 3/24 に「生合成類似環化反応による新規インドールテルペン類 の合成研究」というタイトルで口頭発表を行いました．井坂君にとっては長かった 8 年間の研究室生活での最後の学会発表となりました．しかし，井坂君の発表のときにはマイクがちゃんと入っていなかったため，会場後部では声が非常に聴き取りづらくなってしまい，非常に残念でした．
今回の農芸化学会では初めて一般講演が各自の持ち込み PC をプロジェクターに接続して行うというやり方になりました．かなりの演題数がある学会なので，トラブルが続出するかもと思っていたのですが，私が聴いた一般講演では大きなトラブルは全くありませんでした．5 ～ 6 演題ごとに十分間の PC 接続チェック時間が設けられていて，トラブルがあった場合は運営側で準備した PC を使うなどといった対策が取られていたようです．私は有機化学系と植物系の会場でしか講演を聴いていないので，他の会場の状況は良く分かりませんが，運営側の対応が適切だったのだと思います．
また，同じく初めてのこととして，冊子体の講演要旨集がなくなり，PDF ファイルのダウンロードでの提供だけになりました．私個人的には重い要旨集を持っていくより iPad だけを持っていく方が便利なので，この変更は歓迎します．ただ，ダウンロードをするのに必要なパスワードが当日申込の人にはその場で渡されて，会場ではインターネット接続サービスの提供もないので，人によっては要旨集を見ることができずに困ったのではないかと思います．
また，個人的なことですが，私は非常に眼が悪いので，学会会場でのスライドを見るのは大変苦労します．従来は単眼鏡とかデジカメの液晶ディスプレイとかを使ってみていたのですが，いずれも視野が狭いため，長時間スライドを使った発表を見るのにはつらいものがありました．最近発売された新しい iPad は，カメラ機能を使うと大きな Retina ディスプレイいっぱいでスライドを見ることができ，私にとっては画期的な視覚補助器具になりました．しかし，農芸化学会は会場内撮影禁止という制限があり，撮影はせずにただ見ているだけなのですが，一度係の方から注意を受けました．眼が悪いので見るのに使っているだけです，と言って見逃してもらったのですが，新しい会場に行く度にちょっと使うのがためらわれました．しかも，三日目の講演からは必ず座長が撮影禁止というアナウンスをするようになり，それでも iPad でスライドを見続けるのはちょっと抵抗がありました．しかし，一度これでスライドを見るのに慣れてしまうと単眼鏡は使えません．開き直って iPad を使い続けました．
スライドについては，国際化への対応という趣旨で，英語で作成することが大会実行委員会から推奨されていました．私が聴いた講演は結構日本語を使っているものも多かったのですが，正直なところ，日本語のスライドの方が圧倒的に分かりやすいと思いました．英語より日本語に慣れているというだけでなく，限られたスペースで情報を伝える場合，漢字はアルファベットに比べてかなり優位性があると思います．やはり，英語でスライドを作る場合，日本語のものをそのまま英訳するのではなく，英語にあったスライドにしないといけないのだと思います．
今回の農芸化学会では初めて一般講演が各自の持ち込み PC をプロジェクターに接続して行うというやり方になりました．かなりの演題数がある学会なので，トラブルが続出するかもと思っていたのですが，私が聴いた一般講演では大きなトラブルは全くありませんでした．5 ～ 6 演題ごとに十分間の PC 接続チェック時間が設けられていて，トラブルがあった場合は運営側で準備した PC を使うなどといった対策が取られていたようです．私は有機化学系と植物系の会場でしか講演を聴いていないので，他の会場の状況は良く分かりませんが，運営側の対応が適切だったのだと思います．
また，同じく初めてのこととして，冊子体の講演要旨集がなくなり，PDF ファイルのダウンロードでの提供だけになりました．私個人的には重い要旨集を持っていくより iPad だけを持っていく方が便利なので，この変更は歓迎します．ただ，ダウンロードをするのに必要なパスワードが当日申込の人にはその場で渡されて，会場ではインターネット接続サービスの提供もないので，人によっては要旨集を見ることができずに困ったのではないかと思います．
また，個人的なことですが，私は非常に眼が悪いので，学会会場でのスライドを見るのは大変苦労します．従来は単眼鏡とかデジカメの液晶ディスプレイとかを使ってみていたのですが，いずれも視野が狭いため，長時間スライドを使った発表を見るのにはつらいものがありました．最近発売された新しい iPad は，カメラ機能を使うと大きな Retina ディスプレイいっぱいでスライドを見ることができ，私にとっては画期的な視覚補助器具になりました．しかし，農芸化学会は会場内撮影禁止という制限があり，撮影はせずにただ見ているだけなのですが，一度係の方から注意を受けました．眼が悪いので見るのに使っているだけです，と言って見逃してもらったのですが，新しい会場に行く度にちょっと使うのがためらわれました．しかも，三日目の講演からは必ず座長が撮影禁止というアナウンスをするようになり，それでも iPad でスライドを見続けるのはちょっと抵抗がありました．しかし，一度これでスライドを見るのに慣れてしまうと単眼鏡は使えません．開き直って iPad を使い続けました．
スライドについては，国際化への対応という趣旨で，英語で作成することが大会実行委員会から推奨されていました．私が聴いた講演は結構日本語を使っているものも多かったのですが，正直なところ，日本語のスライドの方が圧倒的に分かりやすいと思いました．英語より日本語に慣れているというだけでなく，限られたスペースで情報を伝える場合，漢字はアルファベットに比べてかなり優位性があると思います．やはり，英語でスライドを作る場合，日本語のものをそのまま英訳するのではなく，英語にあったスライドにしないといけないのだと思います．
先週の輪読
先週の木曜日から今週いっぱいは，学会があったり，年度の切替りと学生さんの就職活動時期にもなっていて，研究室に人があまりいない状況なので，輪読はお休みにしました．先週の月曜と水曜の輪読では下記の論文を取り上げました．
49. Pedras, M.S.C., and Khallaf, I. (2012). Molecular interactions of the phytotoxins destruxin B and sirodesmin PL with crucifers and cereals: Metabolism and elicitation of plant defenses. Phytochemistry in press.
50. Pérez-Trujillo, M. et al. (2012). Chiral metabonomics: 1H NMR-based enantiospecific differentiation of metabolites in human urine via direct cosolvation with β-cyclodextrin. Anal. Chem. in press.
49. Pedras, M.S.C., and Khallaf, I. (2012). Molecular interactions of the phytotoxins destruxin B and sirodesmin PL with crucifers and cereals: Metabolism and elicitation of plant defenses. Phytochemistry in press.
50. Pérez-Trujillo, M. et al. (2012). Chiral metabonomics: 1H NMR-based enantiospecific differentiation of metabolites in human urine via direct cosolvation with β-cyclodextrin. Anal. Chem. in press.
2012年3月17日土曜日
連合農学研究科学位授与式 & 謝恩会 & 今週の輪読
3/15（木）に東京農工大学大学院連合農学研究科学位授与式が東京農工大府中キャンパスで開催され，生物制御化学研究室の井坂哲也君にも博士（農学）の学位が授与されました．井坂君は修士課程から研究室に八年間在籍していましたが，ここでやっと一区切りをつけることができました．あとは 3/24 に日本農芸化学会での学会発表がありますので，そこで研究室での有終の美を飾ってもらって，４月からは民間企業で頑張っていただきたいと思います．
3/16（金）に土浦のホテルマロウド筑波で資源生物科学科の謝恩会が開催されました．例年，謝恩会は卒業式の日に開催されているのですが，今年は資源生物科学科の多くの教員が参加する日本農芸化学会大会の日程と重なってしまったため，一週間早く開催することになったようです．この三月には，生物制御化学エ研究室からは博士 1 名，修士 1 名，学部 3 名の学生が卒業・修了します．それぞれ就職・進学先で活躍してくれることを期待しています．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
44. Cerrudo, I. et al. (2012). Low Red:Far-Red ratios reduce Arabidopsis resistance to Botrytis cinerea and jasmonate responses via a COI1-JAZ10-dependent, salicylic acid-independent mechanism. Plant Physiol. in press.
45. Chizzali, C. et al. (2012). Formation of biphenyl and dibenzofuran phytoalexins in the transition zones of fire blight-infected stems of Malus domestica cv. ‘Holsteiner Cox’ and Pyrus communis cv. ‘Conference’. Phytochemistry in press.
46. Khodakovskaya, M.V., de Silva, K., Biris, A.S., Dervishi, E., and Villagarcia, H. (2012). Carbon nanotubes induce growth enhancement of tobacco cells. ACS Nano in press.
47. Girón-Calva, P.S., Molina-Torres, J., and Heil, M. (2012). Volatile dose and exposure time impact perception in neighboring plants. J. Chem. Ecol. 38: 226–228.
48. Zhu, L. et al. (2012). Immunosuppressive decalin derivatives from red yeast rice. J. Nat. Prod. in press.
3/16（金）に土浦のホテルマロウド筑波で資源生物科学科の謝恩会が開催されました．例年，謝恩会は卒業式の日に開催されているのですが，今年は資源生物科学科の多くの教員が参加する日本農芸化学会大会の日程と重なってしまったため，一週間早く開催することになったようです．この三月には，生物制御化学エ研究室からは博士 1 名，修士 1 名，学部 3 名の学生が卒業・修了します．それぞれ就職・進学先で活躍してくれることを期待しています．
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
44. Cerrudo, I. et al. (2012). Low Red:Far-Red ratios reduce Arabidopsis resistance to Botrytis cinerea and jasmonate responses via a COI1-JAZ10-dependent, salicylic acid-independent mechanism. Plant Physiol. in press.
45. Chizzali, C. et al. (2012). Formation of biphenyl and dibenzofuran phytoalexins in the transition zones of fire blight-infected stems of Malus domestica cv. ‘Holsteiner Cox’ and Pyrus communis cv. ‘Conference’. Phytochemistry in press.
46. Khodakovskaya, M.V., de Silva, K., Biris, A.S., Dervishi, E., and Villagarcia, H. (2012). Carbon nanotubes induce growth enhancement of tobacco cells. ACS Nano in press.
47. Girón-Calva, P.S., Molina-Torres, J., and Heil, M. (2012). Volatile dose and exposure time impact perception in neighboring plants. J. Chem. Ecol. 38: 226–228.
48. Zhu, L. et al. (2012). Immunosuppressive decalin derivatives from red yeast rice. J. Nat. Prod. in press.
2012年3月9日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
39. Luna, E., Bruce, T.J.A., Roberts, M.R., Flors, V., and Ton, J. (2012). Next-generation systemic acquired resistance. Plant Physiol. 158: 844–853.
40. Rasmann, S. et al. (2012). Herbivory in the previous generation primes plants for enhanced insect resistance. Plant Physiol. 158: 854–863.
41. Serrano, M. et al. (2012). Repression of sucrose/ultraviolet B light-induced flavonoid accumulation in microbe-associated molecular pattern-triggered immunity in Arabidopsis. Plant Physiol. 158: 408–422.
42. Kato-Noguchi, H., Tamura, K., Sasaki, H., and Suenaga, K. (2012) Identification of two phytotoxins, blumenol A and grasshopper ketone, in the allelopathic Japanese rice variety Awaakamai. J. Plant Physiol. in press.
43. Mentlak, T.A. et al. (2012). Effector-mediated suppression of chitin-triggered immunity by Magnaporthe oryzae is necessary for rice blast disease. Plant Cell 24: 322–335.
39. Luna, E., Bruce, T.J.A., Roberts, M.R., Flors, V., and Ton, J. (2012). Next-generation systemic acquired resistance. Plant Physiol. 158: 844–853.
40. Rasmann, S. et al. (2012). Herbivory in the previous generation primes plants for enhanced insect resistance. Plant Physiol. 158: 854–863.
41. Serrano, M. et al. (2012). Repression of sucrose/ultraviolet B light-induced flavonoid accumulation in microbe-associated molecular pattern-triggered immunity in Arabidopsis. Plant Physiol. 158: 408–422.
42. Kato-Noguchi, H., Tamura, K., Sasaki, H., and Suenaga, K. (2012) Identification of two phytotoxins, blumenol A and grasshopper ketone, in the allelopathic Japanese rice variety Awaakamai. J. Plant Physiol. in press.
43. Mentlak, T.A. et al. (2012). Effector-mediated suppression of chitin-triggered immunity by Magnaporthe oryzae is necessary for rice blast disease. Plant Cell 24: 322–335.
2012年3月5日月曜日
ChromNAV 導入
生物制御化学研究室では天然有機化合物や合成有機化合物の精製や分析の目的で HPLC を良く使っています．研究室の所有している HPLC は日本分光製のものが多く，いずれも十年以上使っている年季の入った装置です．HPLC は比較的枯れた技術ですので，装置の寿命はかなり長いのですが，制御・データ処理コンピュータの方が十年も経つと維持が難しくなってきてしまいます．研究室で使っている HPLC では，フォトダイオードアレイ（PDA）検出器の制御とデータ処理用に Windows 3.1 の PC，2 ポンプグラジェントシステム用に Windows 95 の PC がありました．しかし，今年になって Windows 3.1 の方に接続しているプリンタのインクの製造が打ち切られたりして，このまま使い続けるのはかなり難しい状態になっていました．今年度は幸い予算の都合がついたので，これらの HPLC 用の PC とソフトウェアを最新のものにアップグレードすることになり，今日アップグレード作業が行われました．
新しいソフトウェアは Windows 7 Professional 上で動く ChromNAV というソフトです．一台の PC で同時にグラジェントシステムと PDA 検出器を制御できるようになったので，PC の台数も一台節約できました．特に PDA 検出器の方は従来の Windows 3.1 上でのソフトに比べると格段の進化をしているので，大分使いやすくなったのではないかと期待しています．
新しいソフトウェアは Windows 7 Professional 上で動く ChromNAV というソフトです．一台の PC で同時にグラジェントシステムと PDA 検出器を制御できるようになったので，PC の台数も一台節約できました．特に PDA 検出器の方は従来の Windows 3.1 上でのソフトに比べると格段の進化をしているので，大分使いやすくなったのではないかと期待しています．
ChomNAV が動いている PC
ChromNAV で制御する HPLC（右下が PDA 検出器）
2012年3月2日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．木曜日は長谷川が出張中だったので，学生さんたちだけでやってもらいました．
34. Igarashi, D., Tsuda, K., and Katagiri, F. (2012). The peptide growth factor, phytosulfokine, attenuates pattern-triggered immunity. Plant J. in press.
35. Heil, M. et al. (2012). How plants sense wounds: damaged-self recognition is based on plant-derived elicitors and induces octadecanoid signaling. PLoS ONE 7: e30537.
36. Neuenschwander, U., Czarniecki, B., and Hermans, I. (2012). Origin of regioselectivity in α-humulene functionalization. J. Org. Chem. in press.
37. Louis, J. et al. (2012). Discrimination of Arabidopsis PAD4 activities in defense against green peach aphid and pathogens. Plant Physiol. in press.
38. Slaughter, A. et al. (2012). Descendants of primed Arabidopsis plants exhibit resistance to biotic stress. Plant Physiol. 158: 835–843.
34. Igarashi, D., Tsuda, K., and Katagiri, F. (2012). The peptide growth factor, phytosulfokine, attenuates pattern-triggered immunity. Plant J. in press.
35. Heil, M. et al. (2012). How plants sense wounds: damaged-self recognition is based on plant-derived elicitors and induces octadecanoid signaling. PLoS ONE 7: e30537.
36. Neuenschwander, U., Czarniecki, B., and Hermans, I. (2012). Origin of regioselectivity in α-humulene functionalization. J. Org. Chem. in press.
37. Louis, J. et al. (2012). Discrimination of Arabidopsis PAD4 activities in defense against green peach aphid and pathogens. Plant Physiol. in press.
38. Slaughter, A. et al. (2012). Descendants of primed Arabidopsis plants exhibit resistance to biotic stress. Plant Physiol. 158: 835–843.
2012年2月24日金曜日
今週の輪読 & 新しい冷却水循環装置
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
29. Newman, D.J., and Cragg, G.M. (2012). Natural products as sources of new drugs over the 30 years from 1981 to 2010. J. Nat. Prod. in press.
30. McCann, H.C., Nahal, H., Thakur, S., and Guttman, D.S. (2012). Identification of innate immunity elicitors using molecular signatures of natural selection. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
31. Divito, E.B., Davic, A.P., Johnson, M.E., and Cascio, M. (2012). Electrospray ionization and collision induced dissociation mass spectrometry of primary fatty acid amides. Anal. Chem. in press.
32. Farag, M.A., Porzel, A., and Wessjohann, L.A. (2012). Comparative metabolite profiling and fingerprinting of medicinal licorice roots using a multiplex approach of GC–MS, LC–MS and 1D NMR techniques. Phytochemistry in press.
33. Sircar, D., Cardoso, H.G., Mukherjee, C., Mitra, A., and Arnholdt-Schmitt, B. (2012). Alternative oxidase (AOX) and phenolic metabolism in methyl jasmonate-treated hairy root cultures of Daucus carota L. J. Plant Physiol. in press.
また，今日は新しい東京理化器械の冷却水循環装置クールエース CA-1114A が納品されました．昨年購入した器械と同等のものです．現在研究室ではエバポレーター用として 3 台の冷却水循環装置を使っていますが，昨年そのうち IWAKI の冷却水循環装置が壊れてしまったので，最近は開放系用の装置を使っていました．本来の使用目的とは違うため，ポンプの水圧が弱かったり冷却能力が低かったりしたのですが，これで改善されました．
29. Newman, D.J., and Cragg, G.M. (2012). Natural products as sources of new drugs over the 30 years from 1981 to 2010. J. Nat. Prod. in press.
30. McCann, H.C., Nahal, H., Thakur, S., and Guttman, D.S. (2012). Identification of innate immunity elicitors using molecular signatures of natural selection. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. in press.
31. Divito, E.B., Davic, A.P., Johnson, M.E., and Cascio, M. (2012). Electrospray ionization and collision induced dissociation mass spectrometry of primary fatty acid amides. Anal. Chem. in press.
32. Farag, M.A., Porzel, A., and Wessjohann, L.A. (2012). Comparative metabolite profiling and fingerprinting of medicinal licorice roots using a multiplex approach of GC–MS, LC–MS and 1D NMR techniques. Phytochemistry in press.
33. Sircar, D., Cardoso, H.G., Mukherjee, C., Mitra, A., and Arnholdt-Schmitt, B. (2012). Alternative oxidase (AOX) and phenolic metabolism in methyl jasmonate-treated hairy root cultures of Daucus carota L. J. Plant Physiol. in press.
また，今日は新しい東京理化器械の冷却水循環装置クールエース CA-1114A が納品されました．昨年購入した器械と同等のものです．現在研究室ではエバポレーター用として 3 台の冷却水循環装置を使っていますが，昨年そのうち IWAKI の冷却水循環装置が壊れてしまったので，最近は開放系用の装置を使っていました．本来の使用目的とは違うため，ポンプの水圧が弱かったり冷却能力が低かったりしたのですが，これで改善されました．
2012年2月17日金曜日
今週の輪読 & 卒業論文発表会
24. Grewal, R., Gupta, S., and Das, S. (2012). Xanthomonas oryzae pv oryzae triggers immediate transcriptomic modulations in rice. BMC Genomics 13(1): 49.
25. Kanjanaphachoat, P. et al. (2012). Serotonin accumulation in transgenic rice by over-expressing tryptophan decarboxlyase results in a dark brown phenotype and stunted growth. Plant Mol. Biol. in press.
26. Zhou, Y.J. et al. (2012). Modular pathway engineering of diterpenoid synthases and the mevalonic acid pathway for miltiradiene production. J. Am. Chem. Soc. in press.
27. Brunoud, G. et al. (2012). A novel sensor to map auxin response and distribution at high spatio-temporal resolution. Nature 482: 103–106.
28. Vanelslander, B. et al. (2012). Daily bursts of biogenic cyanogen bromide (BrCN) control biofilm formation around a marine benthic diatom. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. in press.
昨日と今日は資源生物科学科の卒業論文発表会か開催され，生物制御化学研究室の学生さんたちは今日の午前中に卒論発表を行いました．３人とも研究はなかなか思うように進まなかったところが多かったと思いますが，発表は何とかまとめることができました．なぜ研究がうまく進まなかったのかを良く反省して今後の仕事などに生かしていって欲しいと思います．
- 小島理奈「生合成類似経路による新規インドールテルペン類の合成に関する研究」
- 小林佑一郎「イネ白葉枯病抵抗性におけるフィトアレキシンの機能に関する研究」
- 濱名一穂「イネいもち病菌によるサクラネチンの代謝に関する研究」
2012年2月14日火曜日
2012年2月11日土曜日
今週の輪読 & 修論・卒論大詰め
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
19. Aratake, S. et al. (2012). Soft coral Sarcophyton (Cnidaria: Anthozoa: Octocorallia) species diversity and chemotypes. PLoS ONE 7: e30410.
20. Shaik, S. et al. (2012). Quadruple bonding in C_2_ and analogous eight-valence electron species. Nat. Chem. in press.
21. Hong, L. et al. (2012). A mutation in the rice chalcone isomerase gene causes the golden hull and internode 1 phenotype. Planta in press.
22. Itkin, M. et al. (2011). GLYCOALKALOID METABOLISM1 is required for steroidal alkaloid glycosylation and prevention of phytotoxicity in tomato. Plant Cell 23: 4507–4525.
23. Schmidt, M. et al. (2012). Determining the absolute configuration of (+)-mefloquine HCl, the side-effect-reducing enantiomer of the antimalaria drug Lariam. J. Am. Chem. Soc. in press.
いよいよ来週は火曜日に修士論文発表会，木・金曜日に卒業論文発表会が開催されます．研究室の学生さんたちの準備も大詰めに入り，金曜日には化学生態学研究室と合同での発表練習会も行われました．まだまだ修正すべき点は残っているようですので，発表に向けてもうひと頑張りしていただきたいと思います．
19. Aratake, S. et al. (2012). Soft coral Sarcophyton (Cnidaria: Anthozoa: Octocorallia) species diversity and chemotypes. PLoS ONE 7: e30410.
20. Shaik, S. et al. (2012). Quadruple bonding in C_2_ and analogous eight-valence electron species. Nat. Chem. in press.
21. Hong, L. et al. (2012). A mutation in the rice chalcone isomerase gene causes the golden hull and internode 1 phenotype. Planta in press.
22. Itkin, M. et al. (2011). GLYCOALKALOID METABOLISM1 is required for steroidal alkaloid glycosylation and prevention of phytotoxicity in tomato. Plant Cell 23: 4507–4525.
23. Schmidt, M. et al. (2012). Determining the absolute configuration of (+)-mefloquine HCl, the side-effect-reducing enantiomer of the antimalaria drug Lariam. J. Am. Chem. Soc. in press.
いよいよ来週は火曜日に修士論文発表会，木・金曜日に卒業論文発表会が開催されます．研究室の学生さんたちの準備も大詰めに入り，金曜日には化学生態学研究室と合同での発表練習会も行われました．まだまだ修正すべき点は残っているようですので，発表に向けてもうひと頑張りしていただきたいと思います．
2012年2月3日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．
14. Stahnke, H., Kittlaus, S., Kempe, G., and Alder, L. (2012). Reduction of matrix effects in liquid chromatography–electrospray ionization–mass spectrometry by dilution of the sample extracts: how much dilution is needed? Anal. Chem. in press.
15. Hayashi, K. et al. (2012). Rational design of an auxin antagonist of the SCF^TIR1^ auxin receptor complex. ACS Chem. Biol. in press.
16. Rodríguez-Urra, A.B. et al. (2012). Signaling the induction of sporulation involves the interaction of two secondary metabolites in Aspergillus nidulans. ACS Chem. Biol. in press.
17. Cassani, J., Nilsson, M., and Morris, G.A. (2012). Flavonoid mixture analysis by matrix-assisted diffusion-ordered spectroscopy. J. Nat. Prod. in press.
18. Hamada, H. et al. (2012). Regulation of a proteinaceous elicitor-induced Ca^2+^ influx and production of phytoalexins by a putative voltage-gated cation channel, OsTPC1, in cultured rice cells. J. Biol. Chem. in press.
14. Stahnke, H., Kittlaus, S., Kempe, G., and Alder, L. (2012). Reduction of matrix effects in liquid chromatography–electrospray ionization–mass spectrometry by dilution of the sample extracts: how much dilution is needed? Anal. Chem. in press.
15. Hayashi, K. et al. (2012). Rational design of an auxin antagonist of the SCF^TIR1^ auxin receptor complex. ACS Chem. Biol. in press.
16. Rodríguez-Urra, A.B. et al. (2012). Signaling the induction of sporulation involves the interaction of two secondary metabolites in Aspergillus nidulans. ACS Chem. Biol. in press.
17. Cassani, J., Nilsson, M., and Morris, G.A. (2012). Flavonoid mixture analysis by matrix-assisted diffusion-ordered spectroscopy. J. Nat. Prod. in press.
18. Hamada, H. et al. (2012). Regulation of a proteinaceous elicitor-induced Ca^2+^ influx and production of phytoalexins by a putative voltage-gated cation channel, OsTPC1, in cultured rice cells. J. Biol. Chem. in press.
2012年1月27日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．水曜日は研究室セミナーが 12:30 から開始だったので，輪読はお休みでした．
10. Liu, H., Li, X., Xiao, J., and Wang, S. (2012). A convenient method for simultaneous quantification of multiple phytohormones and metabolites: application in study of rice-bacterium interaction. Plant Methods, in press.
11. Wang, Q., Hillwig, M.L., Wu, Y., and Peters, R.J. (2012). CYP701A8: A rice ent-kaurene oxidase paralog diverted to more specialized diterpenoid metabolism. Plant Physiol., in press.
12. Vaikkinen, A., Shrestha, B., Kauppila, T.J., Vertes, A., and Kostiainen, R. (2012). Infrared laser ablation atmospheric pressure photoionization mass spectrometry. Anal. Chem., in press.
13. Bihlmeier, A. et al. (2012). Structure revision of plakotenin based on computational investigation of transition states and spectroscopic properties. J. Am. Chem. Soc., in press.
10. Liu, H., Li, X., Xiao, J., and Wang, S. (2012). A convenient method for simultaneous quantification of multiple phytohormones and metabolites: application in study of rice-bacterium interaction. Plant Methods, in press.
11. Wang, Q., Hillwig, M.L., Wu, Y., and Peters, R.J. (2012). CYP701A8: A rice ent-kaurene oxidase paralog diverted to more specialized diterpenoid metabolism. Plant Physiol., in press.
12. Vaikkinen, A., Shrestha, B., Kauppila, T.J., Vertes, A., and Kostiainen, R. (2012). Infrared laser ablation atmospheric pressure photoionization mass spectrometry. Anal. Chem., in press.
13. Bihlmeier, A. et al. (2012). Structure revision of plakotenin based on computational investigation of transition states and spectroscopic properties. J. Am. Chem. Soc., in press.
2012年1月25日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介は化学生態学研究室四年生の吉田さんと横倉君の担当で，吉田さんが紹介した論文は Erik H. Poelman, Si-Jun Zheng, Zhao Zhang, Nanda M. Heemskerk, Anne-Marie Cortesero, and Marcel Dicke, Parasitoid-specific induction of plant responses to parasitized herbivores affects colonization by subsequent herbivores. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108(49), 19647-19652 (2011)，横倉君が紹介した論文は Kiyoshi Mashiguchi, Keita Tanaka, Tatsuya Sakai, Satoko Sugawara, Hiroshi Kawaide, Masahiro Natsume, Atsushi Hanada, Takashi Yaeno, Ken Shirasu, Hong Yao, Paula McSteen, Yunde Zhao, Ken-ichiro Hayashi, Yuji Kamiya, and Hiroyuki Kasahara, The main auxin biosynthesis pathway in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108(45), 18512-18517 (2011) でした．
研究室セミナーの論文紹介は今年度はこれで最後になりました．
研究室セミナーの論文紹介は今年度はこれで最後になりました．
2012年1月21日土曜日
井坂哲也君の博士論文発表会
昨日，15 時から東京農工大学大学院連合農学研究科博士課程に在学している井坂哲也君の博士論文発表会がこぶし会館で開催されました．論文タイトルは「生合成類似反応による新規インドールテルペンアルカロイド類の合成」です．井坂君は博士課程在籍六年目ですので，今年が学位取得のラストチャンスでした．無事（？）に発表会を終えることができましたので，あとは 3/1 の連合農学研究科教授会での投票で博士の学位取得が決まります．審査員の先生方から論文内容についてもいろいろ指摘を受けていますので，それにきちんと対応して論文を完成させる必要もありますので，あと少し気を抜かずに頑張っていただきたいと思います．
2012年1月20日金曜日
今週の輪読
今週の輪読では下記の論文を取り上げました．数字は輪読開始からの通し番号です．
5. Zhou, K. et al. (2012). Insights into diterpene cyclization from the structure of the bifunctional abietadiene synthase from Abies grandis. J. Biol. Chem. in press
6. Gupta, S.K. et al. (2012). The single functional blast resistance gene Pi54 activates a complex defence mechanism in rice. J. Exp. Bot. 63: 757–772.
7. Dückert, H. et al. (2012). Natural product-inspired cascade synthesis yields modulators of centrosome integrity. Nat. Chem. Biol. in press.
8. Ciminiello, P. et al. (2012). Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. J. Am. Chem. Soc. in press.
9. Lee, J. et al. (2012). Momilactone B inhibits protein kinase A signaling and reduces tyrosinase-related proteins 1 and 2 expression in melanocytes. Biotechnol. Lett. in press.
5. Zhou, K. et al. (2012). Insights into diterpene cyclization from the structure of the bifunctional abietadiene synthase from Abies grandis. J. Biol. Chem. in press
6. Gupta, S.K. et al. (2012). The single functional blast resistance gene Pi54 activates a complex defence mechanism in rice. J. Exp. Bot. 63: 757–772.
7. Dückert, H. et al. (2012). Natural product-inspired cascade synthesis yields modulators of centrosome integrity. Nat. Chem. Biol. in press.
8. Ciminiello, P. et al. (2012). Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. J. Am. Chem. Soc. in press.
9. Lee, J. et al. (2012). Momilactone B inhibits protein kinase A signaling and reduces tyrosinase-related proteins 1 and 2 expression in melanocytes. Biotechnol. Lett. in press.
2012年1月19日木曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介は四年生の小島さんと小林君の担当で，小島さんが紹介した論文は Ryan J. Rafferty and Robert M. Williams, Total Synthesis of Hapalindoles J and U. J. Org. Chem., 77(1), 519-524 (2012)，小林君が紹介した論文は Jonathan Roepke, Vonny Salim, Maggie Wu, Antje M. K. Thamm, Jun Murata, Kerstin Ploss, Wilhelm Boland, and Vincenzo De Luca, Vinca drug components accumulate exclusively in leaf exudates of Madagascar periwinkle. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107(34), 15287-15292 (2010) でした．たまたまですが，二人ともインドールアルカロイドに関する論文の報告です．
研究室セミナーの論文紹介は来週で今年度は最後になります．
研究室セミナーの論文紹介は来週で今年度は最後になります．
2012年1月13日金曜日
昼輪読
東京化学同人発行の現代化学に筑波大学の白木賢太郎先生が連載している「セキララかがく」というコラムがあるのですが，これの 2012 年 1 月号の回で朝輪読というのが紹介されていました．白木研では朝 9 時から論文のアブストラクトの音読と和訳，図表の説明を毎日一報 30 分間でやっているということです．
なかなか良さそうなシステムなので，長谷川の研究室でも今年から似たような試みを始めてみることにしました．うちの研究室では，9 時からだと授業で抜けてしまう人が多くなるので，昼食後 12:30 からの 30 分でやってみることにしました．まだ，実力的に図表の説明までは手が回らないので，最初はタイトルとアブストラクトの音読・和訳を毎日一報ずつこなしていくという形でやり始めました．
今週は下記の 4 つの論文を題材にしました．
火 http://www.jbc.org/content/early/2012/01/03/jbc.M111.305599.abstract
水 http://www.jbc.org/content/early/2012/01/03/jbc.M111.316364.abstract
木 http://www.plantphysiol.org/content/158/1/324.abstract
金 http://dx.doi.org/10.1021/jf203742x
これを毎日続けていけば，一年で 200 報ぐらいの論文に触れることになります．学生さんは何も言わないと，セミナーで自分が担当のときの年 2 回しか英語の論文を読まないという場合もありましたが，アブストラクトだけでもこれだけ読めば，かなり力になるのではないかと思います．
なかなか良さそうなシステムなので，長谷川の研究室でも今年から似たような試みを始めてみることにしました．うちの研究室では，9 時からだと授業で抜けてしまう人が多くなるので，昼食後 12:30 からの 30 分でやってみることにしました．まだ，実力的に図表の説明までは手が回らないので，最初はタイトルとアブストラクトの音読・和訳を毎日一報ずつこなしていくという形でやり始めました．
今週は下記の 4 つの論文を題材にしました．
火 http://www.jbc.org/content/early/2012/01/03/jbc.M111.305599.abstract
水 http://www.jbc.org/content/early/2012/01/03/jbc.M111.316364.abstract
木 http://www.plantphysiol.org/content/158/1/324.abstract
金 http://dx.doi.org/10.1021/jf203742x
これを毎日続けていけば，一年で 200 報ぐらいの論文に触れることになります．学生さんは何も言わないと，セミナーで自分が担当のときの年 2 回しか英語の論文を読まないという場合もありましたが，アブストラクトだけでもこれだけ読めば，かなり力になるのではないかと思います．
2012年1月11日水曜日
研究室セミナー
本日の研究室セミナーの論文紹介は生物制御化学研究室四年生の濱名君と化学生態学研究室四年生の岩上さんの担当で，濱名君が紹介した論文は Ilka Schoenian, Michael Spiteller, Manoj Ghaste, Rainer Wirth, Hubert Herz, and Dieter Spiteller, Chemical basis of the synergism and antagonism in microbial communities in the nests of leaf-cutting ants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108(5), 1955-1960 (2011)，岩上さんが紹介した論文は Masaki Endo, Shigeki Nakayama, Chikage Umeda-Hara, Namie Ohtsuki, Hiroaki Saika, Masaaki Umeda, Seiichi Toki, CDKB2 is involved in mitosis and DNA damage response in rice. Plant J., in press でした．
なかなかセミナーの日程調整がうまくいかずに出来ない週があったりしたので，今週から四年生二人ずつの発表になりました．
なかなかセミナーの日程調整がうまくいかずに出来ない週があったりしたので，今週から四年生二人ずつの発表になりました．
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